Aquí hay una lista del mejor software editor de PDB gratuito para Windows. Se trata básicamente de un software de modelado molecular que le permite editar archivos de Banco de datos de proteínas (PDB) que contienen estructuras moleculares en 3D. Puede agregar/eliminar átomos de hidrógeno directamente, insertar varios elementos químicos de la tabla periódica, definir enlaces, agregar nanoestructuras, transformar estructuras moleculares, etc. Este software también proporciona una base de datos incorporada desde donde puede inserte varias moléculas, ADN, aminoácidos, diferentes grupos funcionales, etc. En general, obtiene todas las herramientas esenciales en este software para editar fácilmente archivos PDB.
Además de PDB, también puede usar el software mencionado para editar archivos moleculares, incluidos XYZ, MOL, MOL2, etc. Este software también proporciona un excelente entorno de visualización de moléculas para ver estructuras moleculares en 3D. Obtiene prácticas funciones de rotación, desplazamiento panorámico, zoom, estilo de dibujo, rotación automática y más funciones que lo ayudan a pver correctamente un PDB o cualquier otro archivo químico compatible.
En muchos de estos editores de archivos PDB, obtiene funciones de análisis y cálculo para estimar varios parámetros relacionados con la estructura de una molécula. Estos parámetros incluyen geometría optimizada, energía, longitud de enlace, momento dipolar, momento cuadripolar, etc. En general, se trata de un software bastante rico en funciones que también se puede utilizar para editar archivos PDB.
Mi software de edición de PDB gratuito favorito para Windows:
Avogadro es mi software favorito ya que obtiene todas las funciones necesarias para editar archivos PDB sin muchas complicaciones. En él, puede encontrar un conjunto adicional de herramientas que lo ayudan en el modelado y análisis molecular.
IQmol es otro de mis favoritos, ya que viene con una GUI limpia y fácil de usar. También me gustan sus características que te permiten visualizar modelos moleculares correctamente.
Avogadro
Avogadro es un software gratuito de edición de PDB de código abierto para Windows. Básicamente, es un software de modelado molecular 3D que se utiliza para ver, crear y editar estructuras moleculares. Además de PDB, admite diferentes formatos de archivos moleculares, incluidos CML, XYZ, MOL, MOL2, ENT, GAMOUT, etc. Veamos cuáles son las funciones que incluye.
Características clave de este editor de PDB gratuito:
- Proporciona un editor cartesiano para realizar cambios en la longitud del enlace manualmente.
- Puede añadir hidrógenos o eliminar hidrógeno de la estructura molecular. También proporciona una opción práctica para agregar hidrógenos ácidos a grupos ionizables.
- Obtiene la opción «Cambiar H a metilo» para convertir el hidrógeno presente en la estructura en un grupo metilo.
- Se proporciona una característica Insertar útil para insertar directamente ácido nucleico (ADN/ARN), fragmentos de la base de datos incorporada de fragmentos moleculares.agmentos (alcoholes, alcanos, aminoácidos, carbohidratos, etc.), fragmentos SMILES (Sistema de entrada de línea de entrada molecular simplificado) y péptido.
- Además, también ofrece funciones que incluyen Super Cell Builder y Nanotube Builder.
- También puede invertir las propiedades geométricas iniciales a la configuración R/S opuesta usando el botón dedicado.
Características adicionales:
- Contiene un menú de Cristalografía que le permite agregar/eliminar celdas unitarias, traducir átomos, construir losas de superficie, envolver átomos en celdas, importar cristal desde el portapapeles, etc. .
- Obtiene una función de Mecánica molecular que le permite configurar campos de fuerza, calcular energía, buscar conformadores, aplicar restricciones, etc.
- Optimize Geometry, GLSL Shaders, Molecular Graphs, etc., son algunas herramientas más que puede encontrar en este editor de PDB.
- Es un buen mosoftware de visualización lecular también, ya que proporciona herramientas útiles como rotación automática, optimización automática, modo de pantalla completa, acercar/alejar, etc.
Conclusión:
Avogadro es uno de los mejores editores de PDB gratuitos, ya que incluye un conjunto avanzado de herramientas de construcción, visualización y análisis molecular.
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IQmol
IQmol es otro editor de PDB gratuito de código abierto para Windows. Utilizándolo, puede editar el archivo PDB como well como otros archivos moleculares, incluidos MOL, CUBE, XYZ y FCHK. Proporciona un menú Construir dedicado en el que puede encontrar todas las herramientas necesarias para crear o editar un modelo molecular.
Características clave de este editor de PDB gratuito:
- Puede agregar moléculas al archivo PDB usando identificadores SMILES o InChI.
- Proporciona una tabla periódica incorporada para agregar los elementos deseados a la estructura molecular.
- Le permite agregar grupos funcionales, EFP o diferentes moléculas al modelo utilizando la base de datos provista.
- También puede encontrar opciones útiles como Rellenar valencias con hidrógenos, Repercibir enlaces, Establecer isótopos, Minimizar estructura, Trasladar al centro, Simetrizar estructura, Detectar automáticamente simetría, Seleccionar campo de fuerza (Químico, Gaff, UFF, etc.), y más que lo ayudan a editar el archivo PDB.
Características adicionales:
- También puede calcular energía, fuerzas, geometría, químicacambios, frecuencias, etc., utilizando su función de cálculo Q-Chem.
- Ofrece funciones como Grabar animación, Guardar instantáneas de animación, Generar entrada de PovRay, etc., que pueden resultar útiles.
- Además del modelado molecular y la edición, es un visor de moléculas muy bueno con herramientas como rotar, hacer zoom, pantalla completa, configuración de la cámara, apariencia , etc.
Conclusión:
Es uno de mis editores de PDB favoritos, ya que incluye todas las herramientas esenciales de modelado molecular en una GUI clara e intuitiva.
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ArgusLab
ArgusLab es un software editor de PDB sin complicaciones para Windows. En él, puede importar fácilmente un archivo PDB y luego editarlo según sus requisitos. Es principalmente un software de modelado molecular con el que puede crear un modelo molecular desde cero. También puede abrir y visualizar varios archivos moleculares en 3D, como XYZ, MOL, MOL2, etc.
Características principales de edición de PDB:
- Puede agregar directamente átomos de varios elementos utilizando su tabla periódica incorporada.
- Te permite agregar, eliminar u ocultar átomos de hidrógeno.
- Puede crear ligandos, sitios de unión u otros grupos funcionales.
- También se proporciona una función de «Modo de adición de fragmentos» para agregar directamente estructuras de anillos y aminoácidos como ciclopropano, ciclobutano, ciclopentano, ciclohexano-silla, ciclohexano-bote, antraceno, pirimidina, pirrol, indol, L-alanina, L-arginina, Glicina, L-serina, L-triptófano, L-isoleucina, L-histidina, L-prolina, etc.
- También proporciona una opción dedicada de Vínculos automáticos.
- Las herramientas de selección estándar como seleccionar vecinos, invertir selección, etc., también se proporcionan en él.
- Geometría limpia, Hidrógenos limpios y Hibridación limpia se pueden utilizar para la optimización del modelo molecular.
- Se proporciona un práctico navegador de objetos en su panel izquierdo desde donde puede editar diferentes aspectos (átomos, grupos, etc.) de un archivo PDB.
Características adicionales:
- Puede realizar muchos cálculos relacionados con un archivo PDB u otro modelo molecular como energía, optimizar geometría, gaussiana, etc.
- También es bueno en la visualización de moléculas para ver archivos químicos compatibles. Algunas de las herramientas de visualización que obtiene incluyen rotar, hacer zoom, girar, dibujar estilo, etc.
Conclusión:
Es otro nice y editor de archivos PDB sin problemas con el que también puede calcular diferentes parámetros de un modelo molecular.
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Diseñador de Ascalaf
Ascalaph Designer es un software de edición de PDB portátil para Windows. Es un software de modelado molecular destacado que puede utilizar para crear nuevas estructuras moleculares o editar las existentes. Para la edición, admite algunos formatos más, otrosque PDB que incluyen MMOL, MOL2, ENT y XYZ. Además de construir modelos moleculares, también se puede utilizar para la visualización y el análisis de moléculas.
Características principales:
Para editar el archivo PDB, puede usar su menú Crear que contiene las siguientes opciones:
- Puede construir una cadena de diferentes moléculas, incluidos aminoácidos, ADN, pentamidina, etc.
- Te permite construir cristales especificando varios parámetros relacionados como sistema de cristal, parámetros de red, copias de celdas, etc.
- También puedes dibujar moléculas con el mouse de la tabla periódica. Utilice «Ctrl+Shift+mouse» para dibujar elementos en el modelo.
- También obtiene estructuras de nanocarbono para agregar al modelo molecular.
- Algunas herramientas útiles como «unir dos moléculas utilizando hidrógenos seleccionados», detectar enlaces, detectar moléculas, unir átomos, eliminar choques, etc., también están disponibles en él.
Características adicionales:
- Herramientas de análisis para examinar diferentes aspectosEste software proporciona un modelo molecular, como RDF, momento dipolar, momento cuadripolar, geometría, energía, energía intermolecular, presión, temperatura, etc.
- También obtiene una función de Cómputo que proporciona varias opciones de cálculo como Dinámica, Monte-Carlo, Intercambio de réplicas, Optimizar, etc.
Conclusión:
Es otro buen software con el que puede construir nuevas estructuras moleculares o editar modelos contenidos en un archivo PDB o cualquier otro archivo compatible.
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MoluCAD
MoluCAD es un software de edición de PDB fácil de usar para Windows. En él, también puede editar archivos MOL y XYZ. Simplemente puede abrir un archivo PDB usando su función Archivo> Importar y luego modificar la estructura usando las herramientas de modelado disponibles. Además de eso, también puede simplemente visualizar archivos moleculares compatibles en él.
Características principales de edición de PDB:
- Puede agregar átomos de la tabla periódica y conectarlos según sea necesario. También le permite insertar átomos manualmente ingresando coordenadas.
- Proporciona una característica para agregar una estructura de anillo al modelo.
- También contiene una base de datos de varias moléculas, elementos, grupos funcionales, etc., que puede agregar directamente al modelo PDB actual.
- En su menú Editar, puede encontrar funciones útiles como Arrastrar/Rotar, Mover, Dividir enlace, Propiedades del átomo, EnlacePropiedades, etc.
Características adicionales:
- Proporciona un conjunto útil de opciones de visualización de moléculas, como modo de arrastre, modo de gráficos, giro continuo, zoom, panorámica, etc.
- También puede calcular la distancia entre átomos, la longitud del enlace, el ángulo de flexión, el ángulo de torsión, encontrar anillos, el centro de masa, la masa total de un cúmulo, etc.
- Contiene una función de «Energía» que le permite evaluar la energía, minimizar la energía, mostrar índices atómicos, mostrar el tipo MM3, etc.
- Aparte de PDB, puede exportar un modelo molecular en formatos de hoja de cálculo de MS Excel, formatos de gráficos, MOL, XYZ, etc.
Conclusión:
Es otro software gratuito que puede usar para editar archivos PDB y construir nuevos modelos moleculares.