Aquí hay una lista de los mejores programas gratuitos de visualización de archivos XYZ para Windows. XYZ es un formato de archivo utilizado por varios programas de química para transportar estructura y datos moleculares. Con la ayuda de este software gratuito, puede visualizar fácilmente un modelo molecular contenido en un archivo XYZ. Además, este software se puede utilizar para la visualización de datos moleculares de diferentes formatos como Protein Databank (PDB), MOL, MOL2, MDL Mol File Format, CIM, CIF File Format, MOPAC File Format, etc.
Hablando de funciones de visualización de moléculas, puede encontrar todas las funciones esenciales de vista y visualización para ver correctamente el modelo molecular. Las herramientas más comunes que puede encontrar en todo el software son rotar, acercar, girar, renderizar estilo (Wireframe, Sticks, Backbone, Sticks, Spacefill, Balls & Stick, Ribbons, Strands, etc.), propiedades de vista de moléculas, combinaciones de colores y modo de pantalla completa. En algunos programas, también obtiene publicidadHerramientas avanzadas como rotación automática, optimización automática, vista separada, animación, etc. También puede consultar información básica y estadísticas relacionadas con átomos, enlaces, moléculas, etc.
Muchos de estos visores de archivos XYZ incluyen software de modelado molecular. Por lo tanto, puede encontrar todas las herramientas estándar de construcción de moléculas en ellos, como Agregar hidrógenos, Eliminar hidrógeno, Construir cadenas, Dibujar a mano alzada, Crear superficies, etc. Además, algunas herramientas de cálculo útiles para calcular energía, geometría optimizada, etc., también se pueden encontrar en algunos programas. En general, estos son programas de química destacados que también puede usar para ver archivos XYZ.
Mi software de visualización de archivos XYZ gratuito favorito para Windows:
Avogadro es un gran software de visualización molecular que se puede utilizar para ver XYZ, así como varios otros archivos de datos moleculares. También es un software de modelado molecular avanzado con calidad de herramientas de construcción de moléculas.
También me gustó IQmolque contiene un poderoso conjunto de herramientas de análisis y visualización de moléculas.
Avogadro
Avogadro es un software gratuito de visualización de archivos XYZ de código abierto para Windows, Mac y Linux. Es un software rico en funciones que se utiliza para la visualización, construcción y edición molecular. En él, puede visualizar modelos moleculares presentes en varios otros formatos, incluidos MOL, MOL2, DMOL, PDB, CML, CIF, FCHK, GAMOUT, SDF, etc. Proporciona algunas herramientas de visualización realmente útiles que lo ayudan a visualizar y analizar una estructura molecular cercanamente. Veamos cuáles son las funciones de visualización de moléculas que ofrece este software.
Características principales de visualización de moléculas de Avogadro:
- Le permite ver la estructura de la molécula en proyección ortográfica o en perspectiva.
- Puede rotar o hacer zoom fácilmente en el modelo con el mouse.
- En él, puedesencuentre prácticas rotación automática, optimización automática, vista separada, modo de pantalla completa y alinear moléculas herramientas.
- También puede establecer un color de fondo diferente para visualizar un archivo molecular XYZ.
- Le permite alternar elementos de un modelo molecular para mostrar, como ejes, fuerza, anillo, cinta, estructura alámbrica simple, barra, superficies, dipolo, etc.
- También se proporciona una herramienta de medición que puede usar para medir ángulos, distancias, etc.
- La vista personalizada de un modelo molecular contenido en un archivo XYZ se puede guardar en PNG, BMP, JPG, SVG, EPS y otros formatos.
Características adicionales:
- Proporciona un menú Crear dedicado donde puede encontrar todas las herramientas de creación de moléculas como Agregar hidrógenos, Eliminar hidrógeno, Insertar (fragmento, ADN/ARN, SONRISAS, y Péptido), Super Cell Builder, Nanotube Builder, Cambio de H a metilo, Cartesian Editor, etc.
- Obtiene varias funciones adicionales que pueden ser útiles, como Optimizar geometría, Calcular energía, Búsqueda de conformador, Sombreadores GLSL, Crear superficies, etc.
Conclusión:
Es un software de modelado molecular avanzado que se puede utilizar para la visualización de varios archivos moleculares, incluido XYZ.
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IQmol
IQmol es otro visor de archivos XYZ gratuito y de código abiertosoftware para Windows. Le permite simplemente abrir un archivo XYZ y visualizar el modelo molecular guardado en él usando varias herramientas dedicadas. Además de XYZ, admite algunos otros formatos de archivos moleculares como entrada. Algunos de los formatos compatibles incluyen PDB, MOL, CUBE y FCHK.
Este software también se usa para construir una estructura molecular ya que contiene muchas herramientas de creación de moléculas. Algunas de las herramientas disponibles incluyen Insertar moléculas por ID, Rellenar valencias con hidrógenos, Establecer isótopos, Establecer restricciones geométricas, Minimizar estructura, Seleccionar campo de fuerza, Simetrizar molécula, Establecer tolerancia de simetría, etc. Estas herramientas pueden ser se accede desde el menú Construir. Puede utilizar estas herramientas para editar XYZ u otro archivo molecular compatible.
Características de visualización de moléculas de este visor de archivos XYZ:
- Puede importar varios archivos XYZ y verlos todos juntos en el mismo espacio.
- Te permite rotar o hacer zoom en la estructura molecular con la ayuda de turatón.
- También le permite explorar diferentes aspectos de la estructura de la molécula XYZ, como información genérica, átomo, longitud de enlace, geometrías, etc.
- Además de las funciones mencionadas anteriormente, obtienes más opciones relacionadas con la visualización como pantalla completa mostrar ejes, configuración de la cámara (proyección, rotación automática, posiciones, etc.), apariencia (ambiente, difusa, intensidad de niebla, reflejos, intensidad de ruido, etc.), etiquetas de átomos (índice, elemento, masa, RMN, carga parcial, densidad de espín) , etc.
- Puede guardar la vista molecular como un archivo de imagen que incluye PNG y BMP.
Características adicionales:
- También se proporcionan algunas herramientas adicionales como Grabar animación, Generar entrada de PovRay, etc.
- También está presente una herramienta de cálculo dedicada para calcular energía, fuerzas, geometría, cambios químicos, frecuencias, etc.
Conclusión:
Es uno de los visores de archivos XYZ más destacados que también puedesed para construcción molecular o edición.
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Molekel
Molekel es un software de visualización molecular dedicado que puede usar para ver el archivo XYZ. Además del archivo XYZ, puede visualizar varios otros archivos moleculares en él, como PDB, MOL, MOL2, TMOL, YOB, ALC, SDF, SMI, RXN, PCM, PQS, etc. Proporciona todas las herramientas de visualización estándar y algunas avanzadas. que le ayudan a analizar una estructura molecular de cerca.
Característica principalturas:
- A medida que importa un archivo XYZ, puede ver el modelo y las estadísticas relacionadas, como átomos, enlaces, energía, residuos, multiplicidad de espín, carga, conformadores, masa molar, masa exacta, frecuencias de vibración etc., en su interfaz principal.
- Puede ver varios archivos XYZ al mismo tiempo.
- Le permite personalizar la vista del archivo XYZ configurando la configuración de visualización de moléculas, el fondo, las propiedades de vista 3D, alternar varias opciones de vista (sonda plana, barra escalar MEP, cuadros delimitadores, ejes, etc.) y más.
- Usando su mouse, puede girar, rotar o hacer zoom fácilmente en la estructura molecular.
- Proporciona diferentes opciones de visualización interactiva que incluyen Cámara, Pick Atom/Bond, Grabador de eventos, etc.
- Además, también se pueden encontrar en él algunos ajustes de generación de superficies y análisis de moléculas (Sonda plana, Distancia, Ángulo, Espectro de radiación, etc.).
Conclusión:
Es otra buena fVisor de archivos XYZ gratuito con un conjunto avanzado de herramientas de visualización de moléculas y una GUI fácil de usar.
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ArgusLab
ArgusLab es un software de modelado molecular que también actúa como un visor de archivos XYZ. Tiene algunas herramientas avanzadas relacionadas con la visualización molecular y la construcción de moléculas. Puede ver y analizar archivos XYZ, así como carr de estructura de moléculasied en formatos como PDB, MOL, MOL2, etc.
Características principales de visualización molecular:
- Las herramientas de visualización básicas como rotar, acercar, girar, etc., se proporcionan en él.
- Puede configurar ajustes relacionados con color, estilo de representación (estructura alámbrica, cilindro, cilindro de bola, CPK), campo eléctrico, iluminación, trazado rápido de superficies, monitor de geometría , etc.
- Puedes ver información básica sobre estructuras moleculares relacionadas con átomos, residuos, grupos, etc.
- También le permite personalizar la configuración de la etiqueta del átomo.
- La imagen de la estructura molecular se puede guardar en varios formatos, incluidos PDF, TIFF, BMP, JPG y POV.
Características adicionales:
- Se puede usar en la edición de moléculas con la ayuda de opciones como agregar átomos, agregar hidrógenos, eliminar hidrógeno, crear y editar superficies, etc.
- Puede calcular diferentes parámetros de la estructura de una molécula, como energía, optimizar la geometría, gaussiana, espectros electrónicos ZINDO, etc.
Conclusión:
Es un buen software de visualización y modelado molecular con el que también puede ver y analizar moléculas guardadas en archivos XYZ.
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Jmol
Jmol es un software de visualización de archivos XYZ portátil y gratuito para Windows. Es un software basado en Java, así que asegúrese de tener Java instalado ensu sistema antes de ejecutarlo. Además, como es un software portátil, puede usarlo directamente sin pasar por un proceso de instalación complicado.
Características principales de visualización de moléculas de Jmol:
- Puede personalizar varias configuraciones de visualización para ver la estructura molecular guardada en un archivo XYZ, como tamaño del átomo, radio de enlace, mostrar medidas , mostrar etiquetas (número, símbolo, nombre, etc.), mostrar ejes, cuadro delimitador, profundidad de perspectiva, etc.
- Puede personalizar la configuración de visualización de la superficie, como superficie de puntos, superficie de van der Waal, superficie de disolvente, etc.
- Le permite cambiar la vista de la estructura molecular a arriba, al frente, abajo, a la derecha, a la izquierda, etc.
- Puede rotar, girar o hacer zoom para analizar correctamente el archivo XYZ.
- Proporciona una opción para exportar la vista del archivo XYZ importado a una imagen JPG.
Características adicionales:
Además de las herramientas ya mencionadas, obtienes algunas funciones más útilesincluidas Medidas, Animar, Herramienta de superficie, Vibrar, AtomSetChooser, etc.
Conclusión:
Es un visor de archivos XYZ fácil de usar con el que también visualiza archivos moleculares como PDB, MOL, MOL2, XYZ, CML, ENT, etc.
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RasMol
RasMol es otro visor de archivos XYZ gratuito y de código abierto para Windows. Está especialmente diseñado para visualizar estructuras moleculares almacenadas en diferentes formatos de archivo, incluidos Formato de archivo Alchemy, Banco de datos de proteínas (PDB), Formato Sybyl MOL2, Formato de archivo MDL Mol, Formato de archivo CIF, Formato de archivo MOPAC, etc. yoProporciona todas las herramientas esenciales para ver la estructura molecular en consecuencia. Veamos sus principales funciones de visualización.
Características clave de visualización de moléculas de este visor de archivos XYZ de código abierto:
- Puede cambiar el estilo de visualización a Estructura alámbrica, Columna vertebral, Palos, Relleno espacial, Bolas y palos, Cintas, Hebras, Dibujos animados o Superficie molecular.
- Puede personalizar el modo de color (monocromo, estructura, cadena, grupo, modelo, usuario, temperatura, etc.) para ver la estructura molecular.
- También se pueden habilitar o deshabilitar varias otras opciones de visualización, como modos de losa, hidrógenos, heteroátomos, etiquetas, estéreo, etc.
Función adicional:
Puede exportar fácilmente la vista del archivo XYZ a varios formatos de archivo, como PPM, Sun Raster, BMP, GIF, IRIS RGB, PostScript, POVRay, VRML, Raster3D, etc.
Conclusión:
Es un visor de archivos XYZ decente con opciones de visualización básicas. También puedes ver otras moléculasr archivos usando este software.
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Diseñador de Ascalaf
Ascalaph Designer es el próximo visor de archivos XYZ gratuito en esta lista. Se utiliza para múltiples utilidades relacionadas con la construcción molecular, visualización de moléculas, análisis de estructura de moléculas, etc. En términos de visualización de archivos XYZ, obtiene todas las herramientas de visualización estándar y algunas adicionales. Además de XYZ, puede abrir y ver archivos PDB, MMOL, MOL2, ENT y otros archivos moleculares.
Características de visualización molecular que esperamos:
- Puede cambiar el estilo de renderizado a estructura alámbrica, estructura alámbrica CPK, bolas y palos, palo, CPK, etc.
- Se puede hacer una rotación básica a través del mouse para ver la estructura de la molécula desde diferentes lados y ángulos.
- Cuando abre un archivo XYZ en él, puede ver su información como condiciones de contorno, campo de fuerza, masa, número de átomos, enlaces y moléculas, etc.
Características adicionales:
- Obtiene muchas herramientas útiles de modelado molecular. Por ejemplo, construir cadenas, unir moléculas, dibujo libre, construir cristales, nanoestructuras, etc.
- Te permite calcular la energía y la energía intermolecular junto con otros parámetros como el ángulo, la torsión, etc.
Conclusión:
Es un software de construcción molecular bien diseñado que también puede usar para ver estructuras de moléculas de XYZ y otros archivos compatibles.
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vista COSMO
COSMOview es otro visor de archivos XYZ gratuito para Windows. No solo XYZ, puede ver algunos otros archivos moleculares en él, como PDB, SDB, WRL, MOL2, etc. Proporciona todas las herramientas básicas que lo ayudan a visualizar una estructura molecular. Veamos cuáles son sus principales herramientas de visualización de moléculas.
Características principales:
- Puede rotar el modelo molecular usando su mouse.
- Algunas configuraciones de visualización también se pueden personalizar según sus preferencias, como color de fondo, factor de escala de átomos, suavidad de esfera, visualización de enlaces, configuración de etiquetas, etc.
- Te permite guardar la vista de la estructura de la molécula como una imagen PNG.
Conclusión:
Es un visor de archivos XYZ simple y básico que puedeun uso para ver algunos otros archivos moleculares.
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PubChem (visor de moléculas Pc3D)
PubChem (Pc3D Molecule Viewer) es otro buen visor de archivos XYZ para Windows y Mac. Es un software de visualización molecular 3D dedicado para ver estructuras moleculares de formatos que incluyen archivos SD (SDF), archivos moleculares comprimidos (GZIP) y archivos de modelos moleculares (XYZ). Obtiene solo algunas herramientas de visualización básicas que se mencionan a continuación.
Características clave de PubChem:
- Muestra un archivo XYZ en mosaico y estructura de superposición modes.
- Puede agregar moléculas de otro archivo XYZ o compatible al archivo actual.
- Le permite analizar adecuadamente el modelo molecular usando opciones como rotar, hacer zoom, desplazarse, alinear, mostrar/ocultar elementos (información de la molécula, átomos, enlaces, símbolos, carbono, etc.), y más.
- Algunos ajustes generales y relacionados con átomos y enlaces también se pueden personalizar, como calidad de imagen, modelo de luz, mostrar información de moléculas, proyección ortogonal, escala de átomos, coloración de átomos, orden de visualización de enlaces, coloración de enlaces, información de enlaces, etc.
Conclusión:
Es un buen visor de archivos XYZ con solo herramientas de visualización molecular selectivas pero útiles.
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VMD
VMD es otro visor de archivos XYZ gratuito para Windows, Mac y Linux. Puede usarlo para ver archivos moleculares de diferentes formatos que no sean XYZ, como PDB, MOL, PLY, PQR, GRASP, Tinker, etc. Al igual que otros programas, puede encontrar todas las herramientas básicas de visualización en él. Proporciona ventanas separadas para navegar, ver y configurar los parámetros de visualización.
Características clave de este visor de archivos XYZ:
- Puede configurar fácilmente la representación, el color, los materiales y las etiquetas propiedades para personalizar la vista molecular.
- Características como rotación automática, vista en perspectiva u ortogonal, indicador de FPS, cambio de fondo, estéreo, escenario, modo render, etc., también están presentes en él.
- Para rotar, trasladar, escalar, agregar etiquetas de átomos, enlaces, ángulos o diedros, agregar o eliminar enlaces, etc., puede usar el menú del mouse o pueder propio ratón.
- Le permite renderizar y guardar formatos de vista de estructuras moleculares como STL, Raster3D, POV-Ray, VRML, Wavefront, etc.
Características adicionales:
- Contiene un conjunto dedicado de herramientas de análisis que lo ayudan a evaluar el modelo molecular, como Analyze FEP Simulation, Heat Mapper, NAMD Plot, RMSD Calculator, Collective variable analysis, etc.
- Algunas extensiones más relacionadas con el modelado, editor de datos, simulación, etc., están disponibles en él.
Conclusión:
Esta puede ser su otra alternativa a un visor de archivos XYZ si está buscando algunas herramientas avanzadas de visualización y análisis de moléculas.
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Visor de Zeus PDB
Zeus PDB Viewer, como sugiere su nombre, es un visor de archivos PDB gratuito que también le permite ver archivos XYZ. Aparte de estos dos formatos, puede ver modelos moleculares en formatos de MOL y MOL2. Para ayudarlo a visualizar la estructura molecular guardada en archivos XYZ, obtiene todas las herramientas estándar que se mencionan a continuación.
Características principales de visualización molecular:
- Proporciona diferentes pestañas para ver el modelo molecular 3D y los detalles de átomos, enlaces, estructura y archivo .
- Puede alternar el estilo de vista de la estructura molecular entre los proporcionados, incluidos estructura alámbrica, bola y palo, bolas y alambre, tubos triangulares, tubos cuadrados y relleno de espacio.
- También proporciona una práctica herramienta Auto-Rotate.
- También puede configurar la calidad de procesamiento en alta, muy, alta, bajo, medio, etc.
- Te permite guardar una imagen de estructura molecular en formato BMP.
Características adicionales:
- Calcular enlaces H, enlazar átomos no enlazados, mostrar secuencia de modelo, buscar secuencia y otras herramientas adicionales también se proporcionan en este visor de archivos XYZ.
- Proporciona una función de «Descargar y abrir» que le permite descargar un archivo del Banco de datos de proteínas usando la ID de PDB y la ubicación del servidor.
Limitación:
Durante mis pruebas, este software falló varias veces.
Conclusión:
Es un software decente para ver XYZ y otros archivos de datos moleculares sin mucha molestia.
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BALLView
BALLView es otro software de visualización molecular que puede utilizar como visor de archivos XYZ. Además de XYZ, puede ver más archivos de datos moleculares, incluidos PDB, HIN, BRK, ENT, MOL, MOL2, SDF y AC.
Características principales:
- Algunas preferencias de visualización de moléculas, como colores, configuración de la cámara, plano de recorte, etiquetas, habilitar el modo rotar/seleccionar/mover, configuración del material, etc., se pueden personalizar en consecuencia .
- También puede seleccionar el modo de dibujo (estructura alámbrica, puntos, sólido, toon) y el modelo de visualización (palo, bola y palo, columna vertebral, cinta, fuerzas, etc.) según su elección.
- Puede guardar la estructura molecular con la vista personalizada en formatos que incluyen imagen PNG, escena POV-Ray y archivo de datos de prototipos 3D.
Conclusión:
Con todo, es un software decente para ver archivos de estructuras moleculares, incluido XYZ.