Aquí hay una lista de los mejores sitios web gratuitos en línea para visualizar estructuras de proteínas en 3D. Se puede usar cualquier visor de estructura de moléculas en línea para ver la estructura 3D de la proteína. Un visor de moléculas en línea toma un archivo de datos de moléculas como entrada y luego representa la estructura basada en los datos. Se puede hacer lo mismo para varios tipos de archivos, incluidos PDB, mmCIF, MRC, BRIX, CUB y más.
Esta publicación cubre 6 visores de estructura de moléculas en línea gratuitos que puede usar para ver la estructura de proteína en 3D. Todos estos visores admiten varios archivos de datos de moléculas y representan las estructuras respectivas en 3D. Las estructuras son interactivas donde puede rotar, hacer zoom, desplazar y recortar de la forma que desee. Estos visores también incluyen características que le permiten analizar la estructura de cerca. Esto incluye opciones de visualización de moléculas y opciones de color y otras personalizaciones basadas en el usuario. Le recomendé que revise la lista para verlas con más detalle.
Mi estructura proteica 3D favorita Viaguamanil
Mol* Viewer es mi visor de estructuras de proteínas en 3D favorito de esta lista. Este visor incluye una amplia variedad de opciones que van desde la apariencia de la molécula, la personalización, la medición, el análisis y la exportación.
Molstar.org (Visor Mol*)
Mol* Viewer es uno de los mejores visores gratuitos de estructura de moléculas en línea. Es un moderno conjunto de herramientas de código abierto basado en la web para la visualización y el análisis de datos moleculares a gran escala. Puede cargar cualquier archivo de estructura de molécula e interactuar con él. De hecho, puede abrir varios archivos en el mismo plano y verlos todos juntos. El visor es completamente interactivo donde puede rotar, desplazar, hacer zoom y recortar la estructura. También puede animar la estructura con 7 opciones de animación. Este visor muestra una vista de árbol de los componentes de la estructura. Esto le permite navegar fácilmente a través de la estructura ay analizar diferentes secciones. Tiene la opción de personalizar la vista de cada componente donde puede personalizar los estilos y actualizar el modelo. También puede ocultar/mostrar componentes a voluntad.
Hay secciones dedicadas a Componentes y Medidas. Ambas secciones enumeran la entrada respectiva con opciones para actualizar componentes y agregar nuevas medidas. Por último, pero no menos importante, incluye varias opciones de exportación. Puede exportar los modelos y la geometría de la estructura a los formatos de archivo correspondientes. Y si elige animar la estructura, también puede exportar esa animación como un archivo de video MP4.
¿Cómo abrir la estructura de proteína 3D en Mol* Viewer?
- Abra Mol* Viewer mediante el enlace que se proporciona a continuación.
- Haga clic y expanda la sección Inicio desde la esquina superior izquierda de la pantalla.
- Haga clic en la opción Abrir archivos y elija Seleccionar archivos…
- Seleccione el archivo de estructura de la molécula que desea abrir y luego haga clic en el botón Aplicar.
- Esto abre el archivo en el visor donde puede interactuar con la estructura 3D.
Destacados:
- Visor interactivo: permite rotar, desplazar, hacer zoom, enfocar, hacer zoom y recortar la estructura 3D.
- Vista de árbol: organiza varios tipos de componentes en una vista de árbol.
- Registrador de actividad: registra cada interacción con la estructura con marcas de tiempo.
- Personalizar vista: ofrece múltiples estilos visuales con las opciones para actualizar el modelo molecular y aplicar diferentes acciones como Representación 3D, Cuadro delimitador, Transformar conformación, etc.
- Instantánea: opción de captura de pantalla con 1 clic del estado actual de la estructura.
- Modos de cámara: cambie entre la vista en perspectiva y la vista ortogonal.
- Componentes: vea/añada los distintos tipos de componentes en la estructura.
- Medirelementos: Ver/añadir parámetros de medición de varios componentes en la estructura.
- Opciones de animación: Animar trayectoria, Giro de cámara, Rock de cámara, Instantáneas de estado, Relajar ensamblaje y Estructura de giro.
- Opciones de exportación: exportar modelos (mmCIF), exportar geometría (glb, stl, obj, usdz) y exportar animación (MP4).
RCSB.com (Vista 3D)
Vista 3D de RCSB es un visor de moléculas gratuito que puede usar para ver estructuras de proteínas en 3D. esteEl visor de moléculas es muy similar al de Mol* Viewer cubierto. Hace casi todas las cosas que puedes hacer con ese visor. Puede abrir varios archivos de moléculas juntos y le permite interactuar con la estructura. Obtiene todas las opciones para personalizar la apariencia, ver las dimensiones y los componentes de la estructura. Incluso imita las mismas opciones de exportación. La única diferencia es que no crea una vista de árbol de la estructura.
¿Cómo abrir la estructura de proteína 3D en la vista 3D de RCSB?
- Vaya a la Vista 3D del RCSB utilizando el enlace que se proporciona a continuación.
- Haga clic y expanda la sección Importardesde la esquina superior izquierda de la pantalla.
- Haga clic en la opción Abrir archivos y elija Seleccionar archivos…
- Seleccione el archivo de estructura de la molécula que desea abrir y luego haga clic en el botón Aplicar para ver la estructura 3D.
Destacados:
- Visor interactivo: permite rotar, desplazar, hacer zoom, enfocar Zoom y recortar la estructura 3D.
- Registrador de actividad: registra cada interacción con la estructura con marcas de tiempo.
- Personalizar vista: ofrece múltiples estilos visuales con las opciones para actualizar el modelo molecular y aplicar diferentes acciones como Representación 3D, Cuadro delimitador, Transformar conformación, etc.
- Instantánea: opción de captura de pantalla con 1 clic del estado actual de la estructura.
- Modos de cámara: cambie entre la vista en perspectiva y la vista ortogonal.
- Componentes: vea/añada los distintos tipos de componentes en la estructura.
- Mediciones: vea/agregue parámetros de medición de varios componentes en la estructura.
- Opciones de animación: Animar trayectoria, Giro de cámara, Rock de cámara, Instantáneas de estado, Relajar ensamblaje y Estructura de giro.
- Opciones de exportación: Exportar modelos (mmCIF), Exportar geometría(glb, stl, obj, usdz) y exportar animación (MP4).
Visor de estructura iCn3D
iCn3D Structure Viewer es otro visor repleto de funciones para abrir y analizar estructuras de moléculas en 3D en línea. Este visor incluye una amplia colección de funciones al tiempo que mantiene la interfaz de usuario simple y ordenada. La colección consta de varias características de análisis que incluyen secuenciación, anotaciones, interacciones, distancia, enlace químico, simetría y más. Aparte de eso, también incluye opciones de estilo y coloración.o personaliza la apariencia según tus gustos. Este es un buen visor de moléculas en 3D no solo para ver sino también para analizar estructuras de moléculas.
¿Cómo abrir la estructura de proteínas 3D en iCn3D Structure Viewer?
- Vaya al visor de estructura iCn3D utilizando el enlace que se proporciona a continuación.
- Haga clic en la opción Archivo de la cinta superior y seleccione la opción Abrir archivos.
- Luego cargue el archivo que desea abrir y haga clic en el botón Anexar para ver el archivo.
Destacados:
- Visor interactivo: permite rotar, desplazar, hacer zoom y enfocar la estructura 3D.
- Opciones de apariencia de moléculas: una amplia gama de opciones para cambiar el estilo y el color de varios componentes.
- Análisis: ofrece varias opciones de análisis para analizar varios aspectos de la estructura.
- Instantánea: opción de captura de pantalla con 1 clic del estado actual de la estructura.
- Opciones de exportación: exporte la estructura de la molécula (png, pdb, etc.).
Visor 3D de Jena
Jena 3D Viewer es un visor de moléculas en 3D en línea. Puede utilizar este visor para abrir estructuras de proteínas en 3D. El visor incluye características útiles para analizar las estructuras de las moléculas. Puede abrir un archivo local o buscarlo desde la web a través de una URL. Representa la estructura 3D en el lado izquierdo de la pantalla. Puede cambiar el tamaño de la ventana de renderizado e interactuar con la estructura 3D. Enel lado derecho, obtienes todas las opciones de personalización. Esto incluye Atom Selection, Rendering, Coloring, Stereo y otras opciones. Puede configurar fácilmente estas opciones para representar la estructura de la forma que desee. Además de eso, este visor también puede usar comandos para realizar acciones específicas. Por ejemplo, puede seleccionar o mostrar/ocultar componentes ejecutando un comando.
¿Cómo abrir la estructura de proteína 3D en Jena 3D Viewer?
- Abra el Visor 3D de Jena utilizando el enlace que se proporciona a continuación.
- Haga clic y expanda la opción Elegir archivo y cargue su archivo de molécula. O ingrese una URL a continuación para importar desde la nube.
- Luego, seleccione el tipo de visor y haga clic en el botón ir para abrir el archivo.
Destacados:
- Visor interactivo: permite rotar, desplazar, hacer zoom, enfocar, hacer zoom y recortar la estructura 3D.
- Registrador de actividad: registra cada interacción con la estructura con marcas de tiempo.
- Personalizar vista: representación, coloración de moléculas, coloración de fondo y otras opciones.
- Instantánea: opción de captura de pantalla con 1 clic del estado actual de la estructura.
- Compatibilidad con secuencias de comandos: utilice comandos para realizar acciones específicas, como seleccionar una cadena, un residuo, etc.
Molsoft.com (PDBV)
Molsoft tiene un Visor rápido de PDB interactivo. Puede usar este visor para abrir estructuras de proteínas en 3D e interactuar con ellas. Esta es una vista simple donde puede cargar un archivo localmenteguarde el archivo de la molécula o recójalo de su cuenta de Google Drive. Cuando carga el archivo, representa la estructura 3D en la pantalla donde puede interactuar con la estructura. Hay algunas opciones de apariencia de moléculas que puede personalizar según sus gustos. En general, es una herramienta decente para ver rápidamente archivos de moléculas en línea.
¿Cómo abrir la estructura de proteína 3D en PDB Viewer?
- Vaya al PDB Viewer utilizando el enlace que se proporciona a continuación.
- Haz clic en el menú de hamburguesas en la esquina superior derecha del visor.
- Vaya a la sección Abrir y al archivo que desea ver.
Destacados:
- Visor interactivo: permite rotar, desplazar, hacer zoom y enfocar la estructura 3D.
- Opciones de apariencia de moléculas: Múltiples opciones de apariencia para cambiar estilos de visualización, etiquetas, medidas, etc.
- Opciones de personalización: permite colorear la estructura por tipo de átomo, cadena, NtoC, estructura secundariaura, factor B, alineación, etc.
- Instantánea: opción de captura de pantalla con 1 clic del estado actual de la estructura.
- Opciones de exportación: exporte la estructura de la molécula (formato pdb).
RollMyFile.com
RollMyFile.com es un sitio web gratuito donde puede cargar y abrir varios tipos de formatos de archivo en línea. También es compatible con diferentes tipos de archivos de moléculas. Cuando abre un archivo de estructura de molécula, representa esa estructura en 3D. La estructura renderizada es interactiva. El visor es bastante simple y viene con un montón de opciones de visualización. Estas opciones de visualización le permiten cambiar la apariencia de la estructura de la molécula. a diferencia de otrosespectadores, este también le permite editar la estructura. Simplemente puede elegir un elemento y dibujar su molécula en cualquier parte de la estructura.
¿Cómo abrir la estructura de proteína 3D en RollMyFile.com?
- Vaya al sitio web de RollMyFile utilizando el enlace que se menciona a continuación.
- Cargue su archivo de molécula y espere a que se cargue.
- Una vez hecho esto, haga clic en el botón ¡Abrir ahora! para ver el archivo.
Destacados:
- Visor interactivo: permite rotar, desplazar, hacer zoom y enfocar la estructura 3D.
- Opciones de apariencia de moléculas: Red cristalina, Bola y palo, Regaliz, Van der Waals, Estructura alámbrica, Fuerza, Mallas y Superposición de ejes de referencia.
- Editar estructura: simplemente dibuje moléculas de varios elementos con las configuraciones de enlace deseadas.
- Instantánea: Grabe un video de una maniobra personalizada de la estructura.