Aquí hay una lista de los mejores programas gratuitos de modelado molecular para Windows. Estos programas te permiten dibujar las estructuras moleculares de diferentes compuestos químicos. Simplemente seleccione un elemento de la tabla periódica y colóquelo en el espacio de trabajo provisto. Puede agregar átomos de hidrógeno a su modelo con un solo clic o uno por uno manualmente. También puede cambiar el orden de los enlaces atómicos como simple, doble, triple, híbrido, etc.
En este software de modelado molecular, encontrará diferentes estilos para representar una estructura química. Estos estilos incluyen ball and stick, wireframe, wireframe CPK, CPK, stick, constellations, pipes, CPK Spacefill, BallCylinder Low, BallCylinder Medium, etc. En un modelo molecular, también puede cambiar el color y el radio de los átomos. Además de esto, también puede agregar una etiqueta al modelo molecular.
Para mayor comodidad, también se proporcionan algunos grupos químicos y estructuras. Alcohol, aldehído, alcanoes, alquenos, alquinos, amidas, aminoácidos, carbohidratos, ácidos carboxílicos, éteres, sulfóxidos, etc. son algunas de estas estructuras químicas. Puede usarlos directamente en sus modelos moleculares. Además de esto, las estructuras de ADN y ARN también están disponibles en algún software de modelado molecular.
En la mayoría de estos software, podrá realizar cálculos gaussianos, cálculos de energía, optimizar la geometría de un modelo químico, cálculos de espectro electrónico, cálculos de base de muelle, etc.
También encontrará un software que muestra la temperatura, presión, momento dipolar, momento cuadripolar, energía, energía intermolecular, gradiente, etc. de una molécula.
Después de crear una estructura química, puede guardarla en diferentes formatos, como PDF, SVG, BMP, JPG, PNG, POV-Ray, etc.
Mi software de modelado molecular favorito:
Avogadro es mi software de modelado molecular favorito. Apagadoers una interfaz de usuario sin problemas que le permite dibujar diferentes estructuras químicas fácilmente. También puedes cambiar el color de un átomo, el orden de los enlaces, etc. Además, existen diferentes estilos para representar una estructura química. Además, admite múltiples formatos para exportar/guardar un modelo molecular, como SDF, SD, CHT, DMOL, GAM, INP, GAMIN, GAMOUT, PDF, SVG, BMP, JPG, PNG , POV-Ray, etc. También puede animar su modelo diseñado en Avogadro.
Avogadro
Avogadro es un software gratuito de modelado molecular para Windows. Viene con una interfaz simple que ofrece un dibujo químico sin problemas. Algunos elementos de uso común (carbono, oxígeno, boro, flúor, fósforo, etc.) están disponibles en su menú desplegable. Se pueden seleccionar otros elementos de la tabla periódica incorporada. Se proporciona otro menú desplegable para seleccionar el orden de enlace como simple, doble o triple. Si habilita la opción Ajustar hidrógenos, el software ajusta automáticamente la cantidad de hidrógenos en un modelo molecular. Además de esto, puedes reemplazar todos los átomos de hidrógeno en una estructura química con metilo.
Puede realizar las siguientes acciones en un modelo molecular:
- Cambiar su etiqueta (nombre).
- Cambia el color de cada átomo de un modelo molecular.
- Cambia el radio de cada átomo por separado en una estructura molecular.
Además, también encontrarás una vaVariedad de modos de visualización para una estructura química: esferas de Van der Waals, estructura alámbrica, estructura alámbrica simple, palo, etc. También tiene una opción para mostrar u ocultar momento dipolar, fuerza, enlace de hidrógeno, etc. en un modelo molecular.
Avogadro proporciona dos tipos de vistas (vista en perspectiva y vista ortográfica) para cada modelo molecular. Puede insertar directamente las estructuras 3D de grupos químicos, como alcoholes, aldehídos, alcanos, alquenos, alquinos, amidas, aminoácidos, carbohidratos, ácidos carboxílicos, éteres, ácidos grasos, ligandos, esteroides, tioles, sulfóxidos, etc. Además, también se pueden insertar estructuras de ADN y ARN. Antes de insertar una estructura de ADN o ARN, puede ordenar la secuencia de sus bases. También puede seleccionar si desea insertar un ADN monocatenario o un ADN bicatenario.
Animación es una característica adicional de este software gratuito de dibujo de química.
Después de completar su proyecto, puede guardarlo en many diferentes formatos, como CML, XYZ, ENT, PDB, ALC, CHM, CDX, CDXML, C3D1, C3D2, SDF, SD, CHT, DMOL, GAM, INP, GAMIN, GAMOUT, etc. Aparte de esto, PDF, SVG, BMP, JPG, PNG, yPOV-Ray son algunos de los formatos para exportar un proyecto de modelo molecular.
Avogadro es un gran software de modelado molecular que viene con muchas funciones. Es uno de los mejores programas gratuitos de modelado molecular.
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Ascalaph Designer
Ascalaph Designer es otro buen software de dibujo molecular en esta lista. Puede crear modelos moleculares de diferentes compuestos seleccionando átomos de la tabla periódica. Para iniciar la tabla periódica, debe abrir el panel Dibujo libre en el menú Construir > Dibujo libre. O bien, puede hacer clic directamente en el botón «Dibujar molécula con el mouse» disponible en su barra de herramientas. Para colocar el átomo seleccionado en el espacio de trabajo, debe mantener presionada la tecla Ctrl + Shift. El panel Dibujo viene con algunas opciones más junto conla tabla periódica:
- Puede agregar o eliminar átomos de hidrógeno con un solo clic.
- Puede colocar un átomo de par solitario en el espacio de trabajo.
- Puede cambiar el orden de los enlaces como simple, doble, triple, aromático, cuádruple, quíntuple, séxtuple, séptuple y óctuple.
- Cuadro del núcleo: este cuadro contiene algunas estructuras de uso común que puede usar directamente en su modelo químico. Estas estructuras incluyen metano, eteno, agua, amoniaco, etc.
El Panel de dibujo también muestra la información de cada átomo en la tabla periódica al hacer clic en él. Esta información incluye la masa molecular de un átomo, su configuración electrónica y la longitud de los enlaces covalentes y de Van der Waals.
Después de dibujar una estructura molecular, puede analizar su temperatura, presión, momento dipolar, momento cuadripolar, energía, energía intermolecular, gradiente, etc. Además, también tiene una función de optimización de geometría, al que puedes chcambiar la distancia entre dos átomos, ángulo entre dos átomos, etc.
Hablando de vistas, puede representar su modelo molecular en 5 estilos: bola y palo, estructura alámbrica, estructura alámbrica CPK, CPK y palo.
Permite guardar el modelo molecular en mim, hin, mmol, smol, xmol, etc.
Con todo, Acalaph Designer es un gran software para diseñar estructuras moleculares. Descárgalo ahora.
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ArgusLab
Descarga ArgusLab, un software de dibujo químico gratuito y crea diferentes modelos químicos. Con este software de química gratuito, puede dibujar fácilmente las estructuras químicas de varios compuestos. Puede seleccionar cualquier elemento para hacer una estructura química de la tabla periódica incorporada. Todos los átomos que colocó en su modelo están disponibles en el lado izquierdo del software para facilitar el acceso.
En el menú Editar del software, encontrará una opción llamada Auto Bonds. Habilitar esta función formará enlaces químicos entre los átomos de un compuesto. Por defecto, forma el enlace simple entre dos átomos. Puede cambiar un enlace simple a bonos dobles, triples o bonos híbridos fácilmente haciendo clic con el botón derecho en ese enlace. Además, hay varias opciones de representación disponibles para representar una estructura química. Puede establecer el modo de representación en Estructura alámbrica, Cilindro bajo, Cilindro medio, Cilindro de bola bajo, Cilindro de bola medio, Cilindro de bola alto, etc.
Hablando de átomos de hidrógeno, puede agregar todos los átomos de hidrógeno a la estructura química con un solo clic. Sin embargo, también puede agregarlos uno por uno manualmente. Además de esto, también puedes cambiar el color de un átomo.
ArgusLab también le permite realizar Cálculos gaussianos, Cálculos de energía, Optimizar la geometría de un modelo químico, Cálculos de espectro electrónico, Cálculos de base de muelle, etc. Cada uno de los cálculos disponibles se puede personalizar por sí mismo.Ajuste de valores de diferentes parámetros. Por ejemplo, puedo optimizar el Cálculo de Geometría cambiando diferentes parámetros como Conversión de Gradiente, Iteraciones Máximas, RHF, etc.
También están disponibles funciones básicas como acercar, alejar, rotar, mover, etc.
Para mayor comodidad, el software proporciona algunas estructuras básicas de anillos y aminoácidos. Puede utilizar estas estructuras directamente en su modelo molecular. Las siguientes son algunas de las estructuras disponibles:
- Anillos: Ciclopropano, Ciclobutano, Ciclopentano, Ciclohexano-Silla, Ciclohexano-Bote, Antraceno, Pirimidina, Pirrol, Indol, etc.
- Aminoácidos: L-alanina, L-arginina, Glicina, L-serina, L-triptófano, L-isoleucina, L-histidina, L-prolina, etc.
Después de crear un modelo químico, puede guardarlo en diferentes formatos: AGL, PDB, MOL, etc. Además de esto, también puede exportar el modelo químico en diferentes formatos gráficos (BMP, JPG, POV, y TFIB).
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MoluCAD
MoluCAD es otro software de dibujo químico gratuito para dibujar modelos químicos. Le permite dibujar estructuras químicas en modo 2D y 3D. Algunos elementos de uso común para hacer una estructura química están disponibles en el panel derecho del software. Se pueden agregar otros elementos al modelo químico de la tabla periódica. Puede abrir la tabla periódica desde el menú Ver.
Cuatro vistas diferentes están disponibles para cada estructura química, a saber, vista superior, vista frontal, vista lateral y vista oblicua. Puede conectar todos los átomos en una molécula con enlaces simples, dobles, triples o híbridos. Además de esto, también puede cambiar cualquier átomo o enlace de una molécula haciendo clic derecho sobre él.
Modos de renderizado: obtendrá más de 5 modos de renderizado para representar una estructura química. Estos incluyen Ball & Stick 1, Ball & Stick 2, Ball & Stick 3, Space Fill, Pipes, Constellation, etc.
MoluCAD comes con una gran cantidad de estructuras moleculares prediseñadas categorizadas en diferentes carpetas:
- Cool Files: Las moléculas que encontrará aquí incluyen Apoproteína, Aspartamo, Proteínas de unión, Proteínas de unión a biotina, Factor de coagulación, Proteína de unión compleja, Cristalino, Conotoxina, Citocina, ADN , proteína reguladora de unión al ADN, quinasa, liasa, fotorreceptor, proteína de semilla vegetal, ARN, proteína ribosomal, toxina, metaloproteasa de zinc y mucho más.
- Elementos: algunos elementos comunes como carbono, bromo, boro, oxígeno, etc. están disponibles aquí.
- Grupos Funcionales: Grupos Alquilo, Acetilo, Alcohol, Alqueno, Aldehído, Carboxilo, Éter, Ester, etc. son algunos de los grupos funcionales a los que puede acceder desde aquí.
- Moléculas: Aminoácidos, Acetofenona, Cloruro de acetilo, Azuleno, Benceno, Ácido benzoico, Dicianuro de carbonilo, Bromuro de etilo, Naftaleno, etc. se proporcionan en esta sección.
Puedes animar tus modelos químicos creados. La animación hará girar las estructuras moleculares a una velocidad establecida por el usuario. Mientras se ejecuta la animación, puede variar la velocidad de cada eje del modelo molecular por separado.
Query es una característica importante de MoluCAD. Te permite calcular la distancia entre dos átomos, la longitud del enlace, el ángulo de flexión, el ángulo de torsión, la masa total del cúmulo, etc.
Guarda el proyecto en su propio formato de archivo compatible MCD. Pero puede exportar el proyecto en diferentes formatos, como JPEG, Windows Bitmap, MDL Molfile, ASCII Text File, etc.
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YASARA
YASARA es otro software de modelado molecular para Windows. Es un gran software para crear y simular estructuras moleculares individuales, como metano (CH4), borano (BH3), etc. Pero no pude crear las estructuras químicas que contienen más de una molécula, como etano (C2H6), butano (C4H10), etc. También tiene una opción para agregar todos los hidrógenos aun átomo/molécula en un solo clic. Si hablo de las características básicas, puedes hacer lo siguiente con un modelo químico:
- Añadir/Eliminar hidrógenos.
- Dividir molécula/residuo/átomo.
- Unir molécula/residuo/átomo.
- Molécula/residuo/átomo de color.
- Cambie el estilo de molécula/residuo/átomo como Bola, Bola y Palo y Palo.
- Acercar o alejar el modelo, etc.
También te permite cambiar la geometría de un modelo químico inflando o desinflando los átomos. Las propiedades del átomo y el contenido de la escena están disponibles en la pantalla. Además, también tiene un botón de autorrotación, haciendo clic en el cual los modelos moleculares comienzan a girar.
Puede guardar su modelo molecular creado como Escena YASARA, Objeto YASARA, Archivo PDB, Captura de pantalla normal, etc.
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Jmol
Jmol es un software de modelado molecular de código abierto basado en JAVA. No tiene muchas características avanzadas en comparación con otros software de modelado molecular en esta lista, pero aún así, es un buen software de modelado molecular. Puede crear fácilmente estructuras químicas de diferentes compuestos. Además, agregar o cambiar enlaces en un compuesto químicoLibra no es una tarea difícil.
Algunos elementos de uso común (carbono, oxígeno, hidrógeno, nitrógeno, flúor, cloro, etc.) están disponibles en la lista para hacer estructuras químicas. Si su modelo químico requiere elementos distintos a los disponibles, debe agregarlos manualmente escribiendo su símbolo, digamos Zn para Zinc. Puede agregar un máximo de 9 elementos para cada compuesto químico.
La falta de disponibilidad de la tabla periódica en el software hace que sea bastante inestable para el modelado molecular.
Se proporcionan múltiples vistas para un modelo: superior, izquierda, derecha, inferior y frontal. Además de esto, también está disponible la opción de visualización en diferentes ejes.
También puede variar las fuerzas de Van der Waals entre átomos al 15 %, 20 %, 25 %, etc. Hablando de enlaces, puede mostrar los enlaces en una estructura de alambre simple o ajustar su ancho como 0,10 Angstroms, 0,15 Angstroms, 0,20 Angstroms, etc. La estructura molecular completa se puede mostrar en diferentes estilos, como CPK Spacefill, bola y palo, estructura metálica, etc.
La herramienta de medición te permite medir la distancia entre dos átomos en una molécula. La distancia medida se muestra en nanómetros, angstroms y picómetros. Puede aumentar o disminuir la distancia de enlace arrastrando un átomo. También tiene una opción para animar las estructuras moleculares.
Después de crear un modelo molecular, puede guardarlo en formatos JPG y POVRay. Además, también puedes exportarlo a una página web.