Aquí hay una lista de los mejores programas gratuitos de bioinformática para Windows. Con este software, puede ver y analizar datos biológicos como secuencias de ADN, ARN, etc. Los datos biológicos que analiza provienen de varias especies como aptMan, Bos taurus, Gorilla, etc. Para analizar un determinado genoma, debe usar la base de datos admitida o proporcionar un archivo de secuencia. Los archivos de secuencia pueden ser de varios tipos, como .mga, .txt, .pir, etc. Puede ver fácilmente la secuencia contenida en los archivos de entrada en la interfaz de este software para comprender y analizar claramente la secuencia en términos de función, estructura, evolución, etc. La mayoría del software utiliza códigos de color para marcar selas secuencias consisten en el mismo elemento. Además de esto, hay muchas otras herramientas de visualización y análisis que puede usar, incluidas acercar/alejar, vista de estructura 3D, diagrama de árbol, etc. .
Si tiene suficientes conocimientos sobre secuencias genéticas, también puede editar secuencias con facilidad utilizando este software de bioinformática. En la edición de secuencias, puede cambiar los caracteres de las secuencias, cambiar la codificación de colores de las secuencias, añadir anotaciones, etc. Después de la modificación, también puede elegir para guardar la versión modificada de secuencias en formatos de archivo TXT, XLX, GB, etc.
Mi software bioinformático favorito para Windows:
Integrated Genome Browser es mi software favorito de esta lista porque te permite explorar los códigos del genoma de muchas especies desde su interfaz. Además, también le permite agregar y ver manualmente los archivos de código del genoma. También me parece un software muy fácil de usar a través del cualh puede ver y analizar fácilmente los códigos del genoma.
Explorador de genoma integrado
Integrated Genome Browser es un software de bioinformática gratuito y de código abierto para Windows. Este software se utiliza principalmente para ver y analizar grandes conjuntos de datos genómicos. Este software viene con secuencias del genoma de muchas especies como Apis mellifera, aptMan, Bos taurus, Gorilla y más. Cada especie tiene un número diferente de secuencias y longitudes del genoma que puede seleccionar y analizar fácilmente con este software. Además de esto, también puede abrir un archivo de genoma y enlaces URL de archivo de genoma para ver y analizar también conjuntos de datos genómicos externos.
Cómo analizar conjuntos de datos genómicos utilizando Integrated Genome Browser:
- Primero, elija Especimeny Versión del genoma de la sección Especies.
- Abrir conjuntos de datos de fuentes de datos remotas (pestaña Acceso a datos) o abriendo archivos locales. Cuando selecciona un conjunto de datos o un archivo, este software agregará una nueva pista vacía a la vista principal y la incluirá en la tabla Administración de datos .
- Ahora, presione el botón Cargar y vea todos los códigos del genoma. Aquí, también obtiene herramientas como acercar/alejar justo encima del visor de código para ayudarlo a analizar mejor los códigos complejos.
- Por último, puede configurar pistas reordenando las pistas. Para personalizar las pistas, puede usar anotación y pestañas de gráfico para cambiar color, altura de pista, etiqueta de anotación, cantidad de datos mostrados (altura de pila) y otras opciones.
Todas las modificaciones realizadas por usted en el código del genoma y sus pistas se pueden guardar como archivos PNG, SVG y JPEG. En general, es uno de los easoftware siest para analizar conjuntos de datos genómicos.
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MEGA
MEGA es un software de bioinformática gratuito y fácil de usar para Windows. Este software se utiliza principalmente para analizar proteínas y datos de secuencias de ADN de especies y poblaciones. Usándolo, también puede realizar varios tipos de análisis de secuencias como Interferencia de filogenia, Selección de modelo, Citas y relojes, Alineación de secuencias, etc. Además, varios métodos estadísticos importantes (método de distancia, método de máxima verosimilitud, etc.) y herramientas visuales potentes (exploradores de árboles, exploradores, etc.) también están disponibles. Todas estas impresionantes herramientas y funciones le permiten analizar la secuencia de ADN y proteínas de entrada a fondo.
En este software gratuito, puede ingresar secuencias de ADN y proteínas como un archivo de texto (.txt) o como un archivo MEGA (.mga). Después de enviar el archivo, puede ver y analizar datos utilizando varios menús disponibles. Veamos brevemente cómo funcionan estos menús.
- DATOS TA: con este menú, puede ver la secuencia de entrada en forma de símbolos como T, L, Q, R, etc. Cada símbolo tiene un significado específico y para resaltar un tipo de símbolo, puede usar herramientas como C (marcar sitios conservados), V (marcar sitios variables), etc.
- Modelos: Es un hombre muy importanteu usando el cual puede encontrar el mejor modelo de ADN/proteína, estimar la matriz de sustitución, calcular la composición de aminoácidos, calcular el índice de disparidad de patrones, y más.
- Distancia: se utiliza para averiguar distancia por pares de secuencia, distancia media general, etc.
- Filogenia: a través de esta pestaña, puede convertir la secuencia de entrada en árbol de máxima probabilidad, árbol de unión de vecinos, árbol de evolución mínima, etc./li>
- Árbol de usuarios: se utiliza para analizar los datos de entrada utilizando diferentes tipos de árboles de usuarios como Mínimos cuadrados y Parsimonia.
Además de estas funciones importantes, puede encontrar otros menús adicionales para realizar una variedad de tareas. Los gráficos e informes resultantes proporcionados por este software se pueden guardar como formato de archivo Newick (.nwk).
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UGENE
UGENE es otro software de bioinformática gratuito y de código abierto para Windows. En este software, puede crear, editar, anotar y analizar ácido nucleico y secuencias de proteínas. Además, este software viene con compatibilidad integrada con varias bases de datos como NCBI, PDB, ENSEMBL, etc. , de donde eresPuedes descargar varias secuencias. En este software, también puede encontrar muchas herramientas de análisis como Análisis de datos Sanger, Análisis de datos NGS, BLAST, secuencia múltiple alineación, Clonación, herramientas HMMER, etc. La mayoría de estas herramientas de análisis funcionan tanto con secuencias locales como con secuencia de base de datos que puede descargar mediante URL.
Cómo analizar la secuencia de ácidos nucleicos y proteínas con este software:
- Agregue un archivo de secuencia (ACE, BAM, GFF, GTF, MMDB, SAM, secuencia sin procesar, NEXUS, etc.) usando su menú Archivo. La secuencia presente en el archivo se abrirá automáticamente en la interfaz principal.
- En la secuencia disponible, puede notar que este software dibuja automáticamente símbolos similares de diferentes especies en el mismo color. Este esquema de colores viene muy bien para identificar los símbolos o códigos de diferentes especies que son iguales. Este esquema de color también se puede cambiar cambiando el coo escriba a Clustal X, propensión de hélice, propensión de cadena, etc.
- Use varias herramientas disponibles como Acercar/alejar, alineación, estadísticas, etc. para analizar de cerca la secuencia.
Después del análisis, puede exportar los datos de la secuencia en PNG, BMP, JPG, TIFF, y formato SVG.
UGENE es otro buen software de bioinformática para Windows con una interfaz sencilla.
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Jalview
Jalview es otro software bioinformático gratuito para Windows. Usándolo, puede ver y editar alineaciones de secuencias, analizar secuencias con análisis de componentes principales (PCA) parcelas con árboles filogenéticos y explora estructuras moleculares y anotaciones. Este software también viene con ADN incorporado, ARN, secuencia de proteínas, y visualización de estructuras y capacidades de análisis. Además, algunas herramientas útiles como Jmol para ver estructuras en 3D, VARNA para mostrar la estructura secundaria de ARN, etc. también están disponibles.
En este software, puede agregar secuencia escribiéndola directamente, agregando una URL de archivo de secuencia o enviando un archivo de secuencia de formato compatible (PFAM, PIR, JSON, BLC, etc.). Tan pronto como ingrese una secuencia, este software abrirá automáticamente una vista de árbol, vista de estructura 3D y alineación de secuencias múltiples para ver, alinear y analizar la secuencia. En este software de bioinformática, también puede notar que cada cambio en la alineación de la secuencia afecta directamente la estructura 3D en tiempo real para ayudarlo a analizar rápidamente la secuencia.
Además de las principales herramientas de análisis, puede encontrar muchas otras herramientas útiles en este software como color (para cambiar manualmente el patrón de color de la secuencia), Anotaciones (para mostrar o ocultar varias anotaciones de secuencia útiles), Calcular (para calcular la alineación por pares, calcular automáticamente el consenso, mostrar regiones flanqueantes, etc.) y más.
En general, es un software repleto de funciones a través del cual puede analizar y estudiar fácilmente varias secuencias bioinformáticas de múltiples especies con facilidad.
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Visor de secuencias CLC
CLC Sequence Viewer es otro software bioinformático gratuito para Windows. A través de este software, puede realizar una gran cantidad de análisis bioinformáticos utilizando varias herramientas integradas. Además de esto, también están disponibles excelentes opciones de visualización y salida de gráficos. Este software gratuito viene con varias funciones a través de las cuales puede realizar tareas como crear y editar alineaciones, trabajar con análisis de sitio de restricción interactivo, filogenética, traducción avanzada de ADN a proteína, etc. Además, también puede utilizar las opciones de búsqueda integradas de GenBank y muchas otraser características para buscar y analizar el conjunto correcto de secuencias.
En este software, puede ingresar ADN, ARN o secuencia de proteína ya sea buscando directamente desde la base de datos NCBI o utilizando archivos de secuencias locales de varios formatos (zip, .gz, .clc, .cm5, etc.). Los datos de la secuencia importada se pueden ver, editar y analizar desde la interfaz. Aquí, también puede analizar múltiples secuencias a la vez utilizando la interfaz de múltiples pestañas. En el lado derecho de la interfaz, se encuentran disponibles varias prácticas configuraciones de secuencia, configuraciones de anotación, configuraciones de color de residuos, etc. para realizar modificaciones en la secuencia. .
Después de anotar la secuencia, puede guardar la secuencia modificada en varios formatos como PDF, GeneBank (gb), ZIP, Excel (xls), HTML, etc.
En general,es un software bastante simple para ver, editar y analizar secuencias de genes.
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Genbeans
Genbeans es un software de bioinformática independiente y gratuito para Windows. Es una plataforma altamente integrada para la bioinformática. El programa se centra en la biología molecular y proporciona una experiencia laboral perfecta a los investigadores. Además, viene con una caja de herramientas completamente integrada con una interfaz gráfica rica y fácil de usar para analizar y ver secuencias.
En este software, puede abrir una secuencia farchivo de texto, PDB y otro formato de secuencia admitido. No solo uno sino múltiples archivos de secuencia también se pueden ver en él debido a su interfaz de múltiples pestañas. Los datos de secuencia de todos los archivos se pueden ver en su ventana del editor. Ahora, para analizar los datos, puede utilizar la pestaña Análisis. A través de esta pestaña, puede enumerar ácidos nucleicos (complemento inverso, inverso, secuencias crudas, etc.), analizar ORF’s (Lista y MAP ORF’s), hacer Restricción Análisis (todos los sitios, sitios únicos, sitios ausentes, etc.) y más. El resultado de todos los análisis se puede ver en la sección Salida.
Además del análisis de secuencias, también se pueden realizar modificaciones en el archivo de secuencias cambiando la secuencia manualmente. Después del análisis y la modificación, guarde todo el archivo de secuencia editado y analizado como un archivo de texto o en sus formatos de archivo nativos.