Aquí hay una lista del mejor software gratuito de visualización de moléculas para Windows. Este software es útil para los entusiastas de la ciencia para visualizar y estudiar estructuras moleculares en 3D. Para ver las estructuras de las moléculas, debe importar un archivo de moléculas. La mayoría de estos software de visualización de moléculas admiten diferentes formatos de archivo, incluidos Protein Databank (PDB), Molecular Model Files (XYZ), formato de archivo Alchemy, formato Sybyl MOL2, formato de archivo MDL Mol, formato de archivo CIF, formato de archivo MOPAC ,etc. Las propiedades de las moléculas también se muestran en estos que incluyen estadísticas relacionadas con átomos, enlaces, número de masa, número atómico, etc. En algunos de estos, incluso puede editar moléculas o cree archivos de moléculas desde cero.
Para facilitar el proceso de visualización molecular, estos proporcionan todas las herramientas de visualización y navegación esenciales y algunas avanzadas. Puede personalizar la estructura de la molécula mostrada cambiando el estilo de representación molecular such como Estructura alámbrica, Backbone, Sticks, Spacefill, Balls & Stick, Ribbons, Strands, etc. Además, puede personalizar preferencias como mostrar etiquetas, combinaciones de colores, puntos de luz, señales de profundidad, halos, luz ambiental, bordes, etc. Puede navegar fácilmente a través de la estructura molecular usando herramientas como acercar/alejar, rotar, rotar automáticamente, mover, girar, etc.
También puede exportar la estructura de la molécula personalizada como una imagen en todos estos programas de visualización de moléculas. Además, algunos de estos también te permiten crear una animación de moléculas.
Mi visor de moléculas gratuito favorito para Windows
De esta lista, me gustó IQmol más. Es un visor de moléculas en 3D rico en funciones, así como un software de edición de moléculas. Además, su interfaz está muy bien diseñada, lo que proporciona una buena experiencia de visualización de moléculas. Molekeles mi segundo favorito, ya que admite una buena cantidad de formatos de archivo de moléculas. Avogadrotambién es bueno porque obtienes algunas herramientas adicionales como Animar trayectoria, Optimizar geometría, Calcular energía, Configurar campo de fuerza, Cristalografía, etc.
IQmol
IQmol es un visor de moléculas de código abierto y gratuito, así como un software de edición de moléculas para Windows. Proporciona un buen número de herramientas para visualizar estructuras de moléculas y estudiar propiedades de moléculas.
Para ver las moléculas, puede abrir un archivo de moléculas como PDB, MOL, CUBE, etc. Los formatos de importación admitidos exactos no están claros, ya que no los menciona. Al abrir un archivo de molécula, la vista del modelo respectivo se puede ver en el panel izquierdo. Incluye átomos, enlaces (longitud de enlace), geometrías, etc. También puede agregar y configurar superficies especificando tipo (Van Der Waals, Promolécula, SID), Isovalor, color, opacidad, calidad, etc. TPara ver moléculas, le permite configurar propiedades de visualización como mostrar ejes, configuraciones de cámara (proyección, rotación, posiciones, etc.), apariencia (shader, POV-Ray) , etiquetas de átomos (elemento, índice, masa, RMN, carga parcial, densidad de espín), etc. También le permite ver y analizar moléculas en modo de pantalla completa. Puede rotar la estructura, acercar/alejar, girar, etc. Por último, puede guardar la estructura de la molécula mostrada como una imagen PNG, BMP, etc. Ofrece una opción para grabar la animación que básicamente guarda cada fotograma de la animación como Imagen BMP.
Como también es un editor de moléculas, puede construir o editar moléculas. Desde su menú Construir, puede encontrar opciones como Insertar moléculas por ID, Rellenar valencias con hidrógenos, Establecer isótopos, Establecer restricciones geométricas, Minimizar estructura, Seleccionar campo de fuerza, Simetrizar molécula, Establecer tolerancia de simetría, etc. Después de construir o editar moléculas, puede guardarlas en un archivo. Los formatos de archivo para guardar moléculas incluyen XYZ, PDB, CML, MOL, GZMAT, etc. También proporciona una opción de cálculos Q-Chem.
Con todo, es un gran software de visualización de moléculas que tiene una interfaz de usuario clara e intuitiva. Proporciona una sección de Historial dedicada también para ver todas las acciones realizadas.
Página de inicio Página de descarga
Molekel
Molekel es un buen visor de moléculas en 3D con una GUI limpia. En él, puede abrir archivos de moléculas y luego visualizar y sEstudie moléculas personalizando varias opciones de visualización. Para ingresar un archivo de molécula, admite una amplia gama de formatos que incluyen PDB, XYZ, YOB, ALC, SDF, SMI, RXN, PCM, PQS, MOL, MOL2, TMOL y algunos más. Tan pronto como importe un archivo molecular, puede ver su representación visual y sus propiedades en la interfaz principal. Las propiedades incluyen estadísticas relacionadas con átomos, enlaces, energía, residuos, confórmeros, masa molar, masa exacta, multiplicidad de espín, carga, frecuencias de vibración, etc. En cuanto a la visualización de moléculas, estas son las características proporcionadas por este programa gratuito:
- Configuración de visualización de moléculas como forma de molécula (CPK, palo, bola y palo, estructura alámbrica, etc.), forma de átomo (hemisferio, esfera, valla publicitaria, etc.) , la forma del enlace, el residuo, el detalle del átomo, el color del átomo, la escala, etc., se pueden configurar.
- Además, le permite personalizar el fondo y las propiedades de vista 3D y habilitar/deshabilitar sonda de plano, barra escalar MEP, cuadros delimitadores, ejes,etc., ver opciones.
- Puede rotar, girar o acercar/alejar la estructura molecular con el mouse.
- Proporciona diferentes modos de interacción para mejorar la experiencia de visualización, incluidos Cámara, Molécula y Seleccionar átomo/vínculo.
- Le permite visualizar la superficie generada con densidad de electrones, líneas de cuadrícula, superficie accesible al solvente y superficie excluida del solvente. La superficie accesible al disolvente y la superficie excluida del disolventese calculan primero a medida que especifica los parámetros relacionados.
- Le permite abrir diferentes archivos de moléculas y visualizarlos todos a la vez. Entonces, de esa manera, puede fusionar y guardar archivos de moléculas en cualquiera de los formatos admitidos.
- Puede guardar la vista molecular como una imagen (PNG, TIFF), PostScript, EPS o archivo PDF.
- Algunas herramientas de análisis adicionales están disponibles en él, que incluyen Sonda plana, Espectro de radiación, etc.
Página de inicio Página de descarga
Avogadro
Avogadro es un visor de moléculas gratuito, de código abierto y multiplataforma en esta lista. Es un software creador y editor de moléculas también. Para visualizar moléculas, puede importar un archivo en formatos como PDB, CML, CIF, FCHK, GAMOUT, MOL, MOL2, SDF, DMOL, etc. Las moléculas se pueden visualizar en Perspectiva o ortogonal. Las opciones de vista básicas como girar, hacer zoomentrada/salida, selección, etc., están disponibles en él. Además, obtienes una herramienta de rotación automática, herramienta de optimización automática , vista separada, modo de pantalla completa y la opción alinear moléculas. Proporciona una función de selección avanzada que le permite seleccionar por elemento, residuo, patrón SMARTS, solvente, etc. También puede ver las propiedades de la molécula, el átomo, el enlace, el ángulo, la torsión y el confórmero. La representación de la molécula se puede exportar como imagen PNG, BMP o JPEG. También puede exportar gráficos vectoriales (PDF, SVG, EPS), POV-Ray y modelo VRML.
Puede construir moléculas en él usando herramientas como Agregar hidrógenos, Insertar fragmento, ADN/ARN, SMILES y Péptido, Super Cell Builder, Nanotube Builder, Cambiar H a metilo, cartesiano Editor, etc. Muchas herramientas avanzadas como Animar trayectoria, Optimizar geometría, Calcular energía, Configurar campo de fuerza, Cristalografía, etc., también están disponibles. Contiene vaComplementos rious que lo ayudan a analizar estructuras de moléculas como interactuar con moléculas, crear diálogos de archivos de entrada para códigos cuánticos, generar diálogos de propiedades de moléculas, crear superficies, etc.
Página de inicio Página de descarga
Visor molecular de Molegro
Molegro Molecular Viewer es un software más de visualización de moléculas que viene con una interfaz bien diseñada. Puede importar directamente moléculas de MOL, MOL2, PDB, SDF, SD, MDL, MVDML yArchivos de moléculas ENT. Mientras lo hace, se enumeran diferentes aspectos del archivo importado en el panel izquierdo, como ligandos, proteínas, agua, cavidades, cofactores, etc., con sus respectivas propiedades. También se muestra una representación visual en la interfaz. La vista se puede configurar en vista de muelle, interacción de enlaces de hidrógeno, vista de preparación, hidrofobicidad, interacción electrostática, vista de organizador de poses o vista de estructura secundaria. También puede ocultar residuos y niebla. Le permite configurar opciones de representación para establecer opciones de visualización para proteínas, ligandos, poses, cofactores y agua, como representación geométrica (estructura alámbrica, bola y palo, palo, relleno espacial), color, etc. Puede capturar la estructura de la molécula y guardar como imagen PNG, JPEG o BMP.
Las herramientas adicionales de este visor de moléculas 3D incluyen Organizador de poses, Crear etiquetas, Crear superficies, Matriz RMSD, Visor de secuencias, Generador de biomoléculas, Inspector de energía de ligandos, Alineación de proteínas estructurales, Mapa de ligandos, Map, etc.
Página de inicio Página de descarga
Jmol
Jmol es el próximo visor de moléculas 3D gratuito de código abierto para Windows. También es portátil, por lo que puede ejecutarlo sin instalación. Para ver la estructura de la molécula, puede abrir archivos de moléculas PDB, MOL, etc. Puede personalizar varias configuraciones de vista como tamaño del átomo, radio de enlace, mostrar medidas, mostrar etiquetas, mostrar ejes, etc. Paraanalice adecuadamente la estructura molecular, use opciones como rotar, hacer zoom, etc. Proporciona algunas herramientas útiles como Medidas, Animar, Herramienta de superficie, AtomSetChooser, etc.
Proporciona varias opciones de exportación para representar la escena molecular actual. Estos incluyen Exportar imagen, Exportar a página web, Renderizar en POV-Ray, etc.
Página de inicio Página de descarga
Bioclipse
Bioclipse es un visor de moléculas portátil gratuito y para Windows. En él, puede explorar varios archivos moleculares y ver las estructuras de las moléculas respectivas en 3D. Proporciona un buen Bioclipse navigator para navegar fácilmente a través de los archivos agregados. Se pueden visualizar diferentes estructuras de moléculas debido a su interfaz de múltiples pestañas. En el panel derecho se muestra un esquema del archivo de moléculas que contiene átomos. También puede seleccionar un átomo, enlace o molécula de la estructura y ver sus propiedades respectivas como número atómico, número de masa, símbolo, orden de enlace, etc. También se muestra una estructura 2D del archivo de molécula abierto en la interfaz.
Ahora, hablando de sus opciones de visualización y navegación, obtienes todas las herramientas de visualización estándar. Estos incluyen rotar, hacer zoom, mover, girar, etc. Además, puede personalizar el estilo de representación (átomos, etiquetas, esquemas, enlaces, etc.), colores, medidas, etc. La estructura de la molécula personalizada se puede exportar como archivos JPG, PNG, POV-RAY, VRML 3D Model, X3D 3D Model, Maya 3D Model, etc.
Página de inicio Página de descarga
RasMol
RasMol es un visor de moléculas gratuito de código abierto para Windows. Le permite visualizar moléculas en diferentes modos de visualización, incluidos Estructura alámbrica, Columna vertebral, Palos, Relleno espacial, Bolas y palos, Cintas, Hebras, Dibujos animados y Superficie molecular. Puede cambiar el color de las moléculas a monocromo, estructura, cadena, grupo, modelo, usuario, temperatura, etc. Para visualizar moléculas, también puede usar opciones que incluyen Modo losa, Hidrógeno, Hetero Atoms, Specular, Shadow, Stereo, y Labels. También puede rotar el enlace de la molécula.
Para la visualización de moléculas, admite archivos que incluyen Protein Databank, Alchemy File Format, Sybyl MOL2 Format, MDL Mol File Format, CIFormato de archivo F, formato de archivo MOPAC, etc. Después de abrir un archivo, también puede ver información relacionada que incluye nombre de la molécula, clasificación, nombre de la base de datos y número de cadenas, grupos, átomos y enlaces. También obtiene un menú de exportación dedicado para exportar la visualización molecular a diferentes archivos como BMP, GIF, IRIS RGB, PPM, Sun Raster, Post Script, POVRay, VRML, Raster3D , etc.
Página de inicio Página de descarga
QuteMol
QuteMol es el próximo visor de moléculas en 3D gratuito para Windows. Para la visualización de moléculas, admite archivos moleculares en Protein Data Bank File (PDB, VDB) solo en formato. Se puede elegir una pantalla preestablecida para ver moléculas como Realista, Solo luz directa, Ilustrativa, Fría, Simulada, etc. También puede personalizar la pantalla según sus preferencias. Las moléculas se pueden ver al personalizar la geometría. Puede seleccionar la opción de visualización Space Fill, Licorice (con grosor) o Balls’n’Stick y también cambiar el color del material. También le permite configurar varias otras preferencias para visualizar moléculas. Estos incluyen personalizar el color base, el fondo, la luz puntual, la indicación de profundidad, los halos, la luz ambiental, los bordes, etc. Si lo desea, puede guardar la visualización actual de moléculas como una imagen que incluye JPG y PNG. Además, también es posible crear una animación GIF de moléculas.
Página de inicio Página de descarga
PubChem
PubChem es otro software de visualización de moléculas simples para Windows. Le permite buscar archivos de moléculas y luego visualizar la estructura de la molécula en 3D. Para importar un archivo de molécula, además de sus formatos nativos, admite archivos SD (SDF), archivos moleculares comprimidos (GZIP) y archivos de modelos moleculares (XYZ). A medida que abre un archivo, muestra moléculas en estructuras de mosaico y superpuestas. Por lo tanto, puede ver la estructura de una sola molécula o múltiples moléculas en mosaicos. Para ver la molécula, puede usar opciones como girar, escalar, hacer zoom, alinear, etc. Además, puede personalizar las opciones de visualización como átomos, enlaces, moléculas, cuadro, símbolo, etc. Puede guardar la estructura molecular superpuesta como imágenes PNG y JPEG.
Usando el botón Preferencia, puede configurar opciones como calidad de imagen, modelo de luz,color de fondo, ángulo de visión, estrategia de escala, proyección ortogonal, escala atómica, coloración atómica, información atómica, coloración de enlace, información de enlace, ancho de enlace, etc.
Página de inicio Página de descarga
VMD
VMD es otro visor de moléculas en 3D para Windows. Proporciona ventanas separadas para importar y administrar archivos de moléculas y para la visualización de moléculas. Admite una gran cantidad de formatos de archivo para importar moléculas, como PDB, OFF, MOL, PLY, PQR, GRASP, Tinker, etc. Usando su opción Archivo> Nueva molécula, puede buscar una molécula archivo en un f compatibleformato Mientras lo hace, muestra la información del archivo y la vista de moléculas en 3D en ventanas dedicadas. Puede abrir varios archivos de moléculas y alternar entre cada uno de ellos para ver las moléculas respectivas.
Al igual que otros programas de visualización molecular, también le permite personalizar la vista molecular configurando representación, color, materiales y etiquetas. Para una mejor experiencia de visualización de moléculas, puede usar opciones como rotación automática, vista en perspectiva u ortogonal, indicador de FPS, cambio de fondo, estéreo, escenario, modo de renderizado, etc. Además, puede configurar su mouse en rotación , modo de traducción o escala, agregue etiquetas de átomos, enlaces, ángulos o diedros, agregue o elimine enlaces, etc. Para guardar la escena molecular actual como una imagen, use la opción Archivo> Renderizar e ingrese manualmente la imagen extensión de formato. También puede usar otras técnicas para renderizar y guardar la visualización molecular actual, como STL, Raster3D, POV-Ray, VRML, Wavefront, etc.
VMD también proporcionaTiene algunas extensiones para diferentes funciones como Análisis, Modelado, Simulación, Tk Console, etc. Para la visualización molecular, ofrece extensiones como Camera Navigator, Movie Maker, ViewMaster, Palette Tool, Virtual DNA Visor, etc.
Página de inicio Página de descarga
BALLView
BALLView es un software más de visualización de moléculas para Windows. Los archivos moleculares compatibles con este software incluyen PDB, HIN, BRK, ENT, MOL, MOL2, SDF, AC y XYZ. Estas son algunas de sus características que aseguran una agradable experiencia de visualización molecular:
- Puedes personalizarmize la vista según sus preferencias, como colores, modo de dibujo (estructura alámbrica, puntos, sólido, toon), configuración de materiales, modelo de visualización (bola y palo, palo, columna vertebral, cinta, fuerzas, etc.), etc. Además, puede configure los ajustes de la cámara, cree un plano de recorte, etiquetas, etc., habilite el modo rotar/seleccionar/mover, etc.
- Algunas herramientas de mecánica molecular como Cálculo de punto único, Minimización de energía y Dinámica molecular también están disponibles en este software.
- Le permite exportar la estructura molecular mostrada como imagen PNG, escena de POV-Ray o archivo de datos de creación de prototipos 3D.
Además de la visualización molecular, le permite crear moléculas usando herramientas como Crear péptidos, Crear enlaces, Agregar hidrógeno, Asignar órdenes de enlace, etc. También admite la carga de scripts de Python y complementos adicionales y le permite calcular la estructura secundaria, los enlaces H y la electrostática FDPB.
Página de inicio Página de descarga
UGENE
UGENE es un software bioinformático gratuito de código abierto que se puede utilizar como visor de moléculas para Windows. Admite muchos formatos de archivo para importar y analizar secuencias de ácidos nucleicos y proteínas.
Para visualizar moléculas, puede abrir un archivo PDB, MMDB, etc. y ver su estructura 3D en una sección dedicada. Puede personalizar varias configuraciones de visualización que incluyen estilo de representación, esquemas de color, estilo de representación de superficie molecular, establecer color de fondo, etc. También puede girar las moléculas, alinear la estructura y luego exportar la estructura molecular como un archivo (PNG, JPEG, BMP, SVG, TIFF, PDF, etc.).
Para obtener más información sobre sus funciones clave, consulta este enlace.
Página de inicio Página de descarga
vista COSMO
COSMOview es otro software que le permite abrir archivos de moléculas y visualizar moléculas en 3D. Para abrir un archivo, admite formatos PDB, CCF, Energy, XYZ, WRL, SDF, etc. Es un visor de moléculas bastante básico en comparación con otros programas de esta lista. Proporciona opciones de vista básicas que incluyen tamaño de la ventana, suavidad del disco, color de fondo, propiedades del átomo, opciones de enlace y propiedad de la etiquetarties. Puede rotar o acercar/alejar la vista de la molécula con el mouse. Si lo desea, puede guardar la visualización molecular como una imagen PNG.
Página de inicio Página de descarga
Visor de Zeus PDB
Zeus PDB Viewer, como su nombre indica, es un visor de archivos moleculares PDB para Windows. Además del archivo PDB, admite archivos MOL, MOL2, XYZ, etc. Junto con la representación de la estructura de la molécula, también muestra una lista de residuos. También puede ver detalles de átomos, enlaces, estructura y archivo. Puede cambiar la geometría de las moléculas a estructura alámbrica, bola y stick, bolas y alambre, tubos triangulares, tubos cuadrados, o relleno de espacios. También puede habilitar la función de rotación automática. Proporciona algunas herramientas útiles que incluyen Calcular enlaces H, unir átomos no enlazados, mostrar secuencia de modelo, encontrar secuencia, etc. Puede exportar la estructura molecular como una imagen BMP.