Aquí hay una lista del mejor software de visualización de PDB gratuito para Windows. Los archivos PDB o Protein Data Bank contienen datos textuales sobre estructuras tridimensionales de moléculas biológicas grandes. También contiene información sobre estructuras atómicas, coordenadas atómicas, estructura de proteínas, estructura de ácidos nucleicos, etc. Para ver la estructura 3D utilizando los datos textuales de un archivo PDB, necesita un software de visualización de PDB. Estos programas enumerados generan y le muestran rápidamente la estructura molecular 3D utilizando un archivo PDB, que también puede analizar. Para ver correctamente una estructura molecular en 3D, este software ofrece algunas herramientas de visualización útiles como zoom, orientación, vista de estructura alámbrica, vista ortográfica, etc. Además de los archivos PDB, también puede abrir otros archivos que contienen datos moleculares a través de este software como ALC, BIO, CAR, MOL, HIN, etc.
En algunos programas, también puede encontrar útiles herramientas de edición y mejora de modelos a través degh que puede agregar nuevos nodos, rediseñar la estructura de proteínas, cambiar los colores de los módulos de estructura, etc. Además de esto, las herramientas de análisis estructural como calcular energía, calcular H- enlace, analizar dominio, etc., también están presentes en estos visores de PDB gratuitos. La renderización es otra función presente en algunos visores de PDB que le permite representar la estructura molecular de acuerdo con los parámetros definidos por el usuario. Después de renderizar un modelo, puede guardarlo en PNG, BMP y otros formatos de imagen. Los datos textuales de un modelo también se pueden guardar en formatos como PDB, ENT, BIO, etc. En general, todos estos visores ofrecen todas las herramientas de visualización de archivos PDB necesarias además de algunas herramientas adicionales que puede usar fácilmente. usar. Revise la lista para saber más sobre este software.
Mi software de visualización de PDB favorito para Windows:
IQmol es mi software de visualización de PDB favorito, ya que proporciona todas las herramientas esenciales de visualización de estructuras moleculares en 3D. Además,ofrece una gran cantidad de herramientas de construcción que puede usar para crear una nueva estructura molecular de archivos PDB o para editarla.
Molekel es otro software práctico de visualización de PDB, ya que también ofrece herramientas esenciales de visualización, análisis y construcción.
IQmol
IQmol es un software gratuito de visualización de PDB de código abierto para Windows, Linux y MacOS. Con este software, puede visualizar la estructura molecular de un archivo PDB, editar la estructura molecular, crear una nueva estructura molecular y realizar cálculos moleculares.
La visualización de una estructura molecular es bastante fácil, ya que muestra inmediatamente la estructura molecular en su interfaz tan pronto como carga un archivo PDB. Además, le permite ver el modelo desde todas las direcciones con la ayuda de su mouse y le permite acercar la estructura usando the rueda del ratón. En él, también puede visualizar la estructura molecular presente en otros formatos de archivo como MOL, SMI, CUBE, etc. Después de visualizar una estructura molecular, puede guardarla en el mismo PDB. strong> o en otros formatos de archivo como CML, MOL, GZMAT, XYZ, etc.
Características clave de IQmol:
- Pantalla: al usarla, puede cambiar la proyección del modelo molecular, ajustar la apariencia del modelo y agregar etiquetas atómicas (la masa del átomo , carga parcial, densidad de espín, etc.) al modelo.
- Construir: proporciona varias herramientas con las que puede realizar varios cambios en el modelo existente, como cambio en la simetría del modelo, cambio en el campo de fuerza, adición de nuevos átomos, cambio en la estructura , etc.
- Cálculo: Usándolo, puede calcular energía de la estructura molecular, fuerzas, escaneo PES, estado de transición, cambios químicos, etc.
F adicionalcaracterísticas:
- Instantánea: Le permite tomar instantáneas de la estructura molecular en una vista particular que puede guardar en PNG, PPM, BMP, y FIG formatos.
- Animación: esta función toma instantáneas continuas de la estructura que puede guardar en formatos BMP, PNG y PPM.
Pensamientos finales:
Es un software de visualización de PDB realmente bueno, ya que no solo le permite visualizar la estructura molecular, sino que también le permite realizar otras tareas útiles como cálculo, edición de estructuras, construcción de estructuras, etc.
Página de inicio Página de descarga
Molekel
Molekel es otro software gratuito de visualización de PDB de código abierto para Windows, Linux y MacOS. A través de este software, puede visualizar fácilmente estructuras moleculares en 3D de diferentes archivos moleculares, incluidos PDB como RXN, SDF, TMOL, VMOL, ZMAT, etc. La estructura molecular proporcionada por este software es muy limpia y fácil de analizar. Al hacer clic y arrastrar el mouse sobre la estructura molecular, puede ver la estructura desde diferentes direcciones.
Características principales de este visor de archivos PDB:
- Visualización: te permite realizar cambios en la estructura 3D y también te muestra todos los cambios en la estructura en tiempo real. Cambios como estructura atómica (Hemisphere, SoSphere, Full Sphere, etc.), Estructura de enlace (Cilindro, SoCilindro, Semicilindro, etc.), Estructura de residuo (Alambre, Barra, Cinta de línea, etc.), etc., se pueden hacer con él.
- Análisis: Utilizándolo, puede analizar datos de cuadrícula, densidad de espín, potencial electrostático molecular, espectro de radiación, etc., de la estructura molecular.
- Superficies: le permite cambiar la densidad de electrones de la superficie de la estructura y le permite agregar una superficie accesible al solvente sobre la estructura.
- Animación: Permite grabar movimientos de la estructura molecular en forma de animación.
Después de visualizar la estructura molecular en 3D, puede guardarla fácilmente en formatos de imagen PNG y TIFF.
Pensamientos finales:
Es otro potente software de visualización de PDB que ofrece todas las herramientas esenciales de visualización de estructuras moleculares en 3D.
Página de inicio Página de descarga
Swiss-PdbViewer
Swiss-PdbViewer es un software de visualización de PDB gratuito para Windows y MacOS. Con este visor, puede ver la estructura de la proteína, la estructura del ADN y otra información presente en un archivo PDB. Tan pronto como abra un archivo PDB, puede ver un modelo molecular 3D creado por este software utilizando los datos del archivo PDB. Para ver el modelo desde todas las direcciones, puede hacer clic sobre el modelo ay arrastre el mouse. En este software, también obtiene muchas herramientas de análisis para analizar el modelo PDB y saber más sobre la estructura molecular. Después de la visualización y análisis de la estructura molecular 3D, puede guardarla en el mismo PDB y en formatos POV y PNG.
Características de Swiss-PdbViewer:
- Visualización: proporciona todas las herramientas de visualización de modelos PDB necesarias, como rotar, eje, mostrar la superficie del punto, mostrar la columna vertebral, mostrar los enlaces H, etc.
- Construir: al usarlo, puede editar el diseño del modelo PDB existente agregando lazos, residuos, c-terminal y otros componentes. Además, las opciones para eliminar residuos, unir y romper la columna vertebral también están presentes en él.
- Herramientas: es un menú que ofrece varias herramientas computacionales y de análisis de modelos como calcular energía, calcular H-bond, analizar dominio, generar motivo 3D, y más.
- Color: Permite resaltar diferentes partes (campo de fuerza, cadena lateral, proteínas, etc.) del modelo en diferentes colores.
Pensamientos finales:
Es un software simple y fácil de usar si solo desea ver los datos del archivo PDB en forma de estructura molecular.
Página de inicio Página de descarga
Zeus
Zeus es otro software de visualización de PDB gratuito para Windows. Es principalmente un software de visualización molecular en el que también puede ver la estructura molecular of XYZ, MOL, SYBYL y algunos otros formatos. A través de este software, puede generar fácilmente una estructura molecular cargando un archivo PDB que contiene los datos de la estructura molecular. Junto con el modelo molecular, también muestra la tabla de átomos (contiene información de identificación, nombre y coordenadas de los átomos), la tabla de enlaces (muestra el enlace de los átomos, el tipo, la longitud, y descripción), y Tabla de estructura (contiene información de Phi, Psi, Omega y Cadena). En él, también puede encontrar algunas herramientas computacionales y de visualización realmente buenas.
Características principales:
- Ver: proporciona todas las herramientas esenciales de visualización de estructuras moleculares, como Ver modelo, Ver átomos, Ver estructuras, Ver enlaces, Estructura de alambre, Rotación automática, etc.
- Herramientas: ofrece algunas herramientas informáticas y de edición de estructuras 3D como Calcular enlaces de hidrógeno, Calcular y agregar hidrógenos, Enlace de átomos no enlazados, Borrar enlaces de hidrógeno etc.
Características adicionales:
- Buscar secuencia: al usarlo, puede encontrar cualquier secuencia molecular particular del modelo escribiendo la secuencia inicial.
- Color: Permite visualizar la estructura molecular en Monocromo o en Color Retro Computing (color Verde).
Reflexiones finales:
Es otro buen software para generar y ver una estructura molecular utilizando un archivo PDB.
Página de inicio Página de descarga
Visor molecular de Molegro
Molegro Molecular Viewer es otro software gratuito de visualización de PDB para Windows. Con la ayuda de este software, puede generar rápidamente una estructura molecular utilizando datos de archivos PDB. Además de PDB, también puede usar este software para ver archivos MOL, MDL, SDF y ENT. Es útil simplemente ver y analizar la estructura molecular generada.
Para generar y ver un modelo, solo necesita cargar un archivo PDB en este software. Para analizar de cerca la estructura, puede utilizar la rueda del ratón, ya que le permite acercar la estructura. Además, al pasar el cursor sobre la estructura molecular, puede ver las propiedades de diferentes enlaces estructurales como longitud del enlace, número de átomos, ángulos diedros, etc. Después de ver y analizar una estructura molecular PDB, puede exportarlo en PDB, MOL, y ENT fiformatos de archivo.
Características de Molegro Molecular Viewer:
- Ver: te permite ver la estructura en diferentes modos como Vista de acoplamiento, Vista de preparación, Interacciones electrostáticas, Vista del organizador de poses, etc.
- Herramientas: Utilizándolas, puede analizar diferentes aspectos de un modelo como Superficies, Matriz RMSD, Enlaces de hidrógeno de proteínas, Alineación estructural de proteínas, etc.
- Renderizado: Le permite renderizar la estructura en forma de estructura alámbrica, palo, bola y palo, o relleno de espacio.
Pensamientos finales:
Es otro software de visualización de PDB realmente bueno para ver y analizar correctamente diferentes aspectos de la estructura de PDB generada.
Página de inicio Página de descarga
Biodiseñador
Biodesigner es un programa gratuito de modelado y visualización molecular que también se puede utilizar como un software de visualización de PDB. En este software, también puede ver modelos moleculares presentes en archivos de otros formatos como ENT, ALC, BIO, CAR, MOL, HIN, etc. Este software no solo le permite ver modelos moleculares, sino que también también ofrece diversas herramientas informáticas para calcular aspectos importantes de un modelo. En él, también puede obtener algunas herramientas de construcción para realizar mejoras en el modelo molecular existente. Después de ver y mejorar un modelo, puede guardarlo en los formatos PDB, ENT y BIO.
Características principales:
- Ver: Te permite ver la estructura, estructuranúmero de átomo, nombre del átomo, nombre del residuo, ángulo de enlace, ángulo de torsión, distancia entre desviación RMS, y más parámetros de estructura.
- Construir: usándolo, puede reconstruir enlaces, verificar cadenas de proteínas, volver a numerar átomos y crear una imagen especular de la estructura 3D .
- Calcular: a través de esta función, puede calcular la alineación estructural, la distancia RMSD, las coordenadas RMSD y otros parámetros de la estructura.
Características adicionales:
- Estilo: le permite cambiar el aspecto de la estructura al permitirle definir manualmente el color del átomo, el material del átomo, el estilo de la columna vertebral, el color de la columna vertebral, etc.
- Representación: le permite agregar o eliminar antialiasing, desenfoque de movimiento, sombreado, indicación de profundidad y otros efectos de la estructura de proteína 3D.
Pensamientos finales:
Este visor de PDB ofrece todas las herramientas de visualización esenciales junto con algunas mejoras prácticas.herramientas de promoción.
Página de inicio Página de descarga
CueMol
CueMol es otro software de visualización de PDB gratuito para Windows, MacOS e iOS. Es principalmente una herramienta de visualización de estructuras macromoleculares que también le permite ver la estructura molecular presente en archivos como PDB, DX, MAP, MTZ, CNS, etc. Lo bueno de este software es que incluso le permite ver múltiples estructuras moleculares a la vez debido a su interfaz de múltiples pestañas. En este software, obtiene algunas herramientas prácticas de mejora y representación de estructuras moleculares con las que cy también crear imágenes de estructuras moleculares listas para publicar.
Características de CueMol:
- Ver: al usarlo, puede ver la estructura molecular 3D del archivo PDB en vista Perspectiva u Ortográfica.
- Render: Te permite renderizar el modelo molecular utilizando métodos POV-Ray y animación. Antes de renderizar la estructura, también puede definir varios parámetros de renderizado como DPI, resolución, tamaño, tipo de proyección, etc. Después de renderizar el modelo, puede ver y exportar la estructura renderizada en PNG formato de imagen.
- Herramientas: ofrece algunas herramientas de edición de estructuras moleculares como cortador de superficie de mol, generación de superficie de mol, editor de enlace de mol, etc.
Pensamientos finales:
Este visor de PDB incluye potentes herramientas de representación y edición de estructuras moleculares que puedeutilizar para mejorar aún más el modelo.
Página de inicio Página de descarga
PubChem
PubChem es el próximo software gratuito de visualización de PDB para Windows y MacOS. Es un software de visualización de estructura molecular simple en el que puede ver la estructura molecular presente en un archivo PDB. Además de PDB, también se puede utilizar para ver datos moleculares de archivos PC3D, ASN, SDF, GZIP y XYZ. Tan pronto como abre un archivo PDB, este software muestra su estructura molecular en dos visores separados, a saber, Superposición y Mosaico. De acuerdo con sus requisitos, también puede realizar cambios en la estructura mediante la configuración de átomos y enlaces.
Características principales:
- Visor de superposición: este visor muestra la estructura molecular gráfica en 3D que le permite analizar de cerca cada enlace y átomos de la estructura. Después de ver la estructura molecular en este visor, puede guardarla en formatos de imagen PNG y JPG.
- Visor de mosaicos: en él, puede ver muchas formaciones diferentes de la estructura molecular del archivo PDB de entrada para una mejor comprensión de la estructura.
- Átomos: puede acceder desde el menú de opciones que le brinda opciones para escalar el tamaño del átomo, cambiar el color de los átomos, hacer que los átomos sean invisibles, ocultar carbonos, etc.
- Bonos: proporciona opciones a través de las cuales puede cambiar el color de los bonos, habilitar la información de los bonos, hacer que los bonos inves posible, ajustar el ancho de los enlaces, etc.
Pensamientos finales:
Es un visor de PDB simple pero potente en el que puede ver la estructura molecular en 3D de un archivo PDB.
Página de inicio Página de descarga
RasMol
RasMol es otro software gratuito de visualización de PDB de código abierto para Windows. Es un software simple de visualización de estructuras moleculares en 3D que ofrece excelentes herramientas de visualización. Sin embargo, este software no ofrece ninguna herramienta de análisis. En él, simplemente puede cargar PDB, MOL, XYZ, CIF, MOPAC, y otros archivos y ver su proteínaestructura molecular. Además de ver la estructura, también puede realizar modificaciones en la estructura predeterminada a través de este software. Después de visualizar y hacer ajustes a la estructura, puede guardarla en BMP, GIF, PPM, PICT, VRML y otros formatos de archivo.
Características de RasMol:
- Pantalla: Le permite visualizar la estructura 3D en modos como Wireframe, Backbone, Sticks, Ribbons, Strands, etc.
- Colores: Te permite resaltar diferentes partes de la estructura molecular en diferentes colores como grupos, cadena molecular, etc.
- Opciones: al usarlo, puede habilitar o deshabilitar átomos de hidrógeno, heteroátomos, sombras, etiquetas, etc., de la estructura molecular.
Limitaciones:
La falta de la función Zoom es la principal limitación de este software, ya que le impide analizar de cerca la estructura molecular.
Pensamientos finales:
Es un software de visualización de PDB simple y directo a través del cual puede visualizar rápidamente una estructura molecular en 3D.
Página de inicio Página de descarga
QuteMol
QuteMol es otro software gratuito de visualización de PDB de código abierto para Windows y MacOS. Es una herramienta de visualización molecular dedicada que genera una visualización de alta calidad de la estructura molecular 3D utilizando archivos PDB y VDB. Tan pronto como cargue un archivo PDB o VDB en este software, puede ver una estructura molecular en 3D en su interfaz. No solo puede ver una estructura molecular en 3D, sino que también puede hacere varios cambios en los colores y la estructura de la estructura molecular 3D predeterminada.
Características de QuteMol:
- Presets: este software viene con varios presets con los que puede cambiar el aspecto, los colores y los tonos de la estructura molecular 3D predeterminada . Presets como Realista 1, Genial, Simulado (S.E.M.), Percepción de forma, etc., están presentes en él.
- Geometría: le permite cambiar la geometría predeterminada de su estructura a Geometría de relleno de espacio, Geometría de regaliz y Geometría de bolas y palos . Además, las opciones para cambiar los colores de los átomos y las cadenas también están presentes.
- Personalizar: te permite ajustar manualmente la iluminación, la intensidad de la luz, el color base, las indicaciones de profundidad, los halos y otros parámetros de la estructura 3D para personalizar su apariencia.
- Instantánea: después de realizar todos los ajustes a la estructura molecular, puede usaresta característica para tomar instantáneas de la estructura que puede guardar en formatos PNG, JPG, y GIF.
Pensamientos finales:
Es otro software de visualización de PDB sencillo que le permite visualizar y ajustar la estructura molecular de PDB.
Página de inicio Página de descarga
VMD
VMD es el próximo software gratuito de visualización de PDB de código abierto para Windows, MacOS y Linux. Es un programa de visualización molecular más que le permite visualizar estructuras moleculares en 3D utilizando datos de PDB, OFF, MOL, PLY, PQR, GRASP y otros archivos. En estosoftware, también puede abrir varios archivos PDB para ver varias estructuras moleculares en 3D.
Junto con una estructura molecular en 3D, este software también muestra todas las propiedades importantes de la estructura como cantidad de átomos, cantidad de enlaces, cantidad de residuos, cantidad de fragmentos, etc. Como muchos otros PDB software de visualización, este también le permite personalizar la estructura molecular de acuerdo con sus requisitos. Después de realizar ajustes en la estructura molecular, puede guardar sus datos en formato de archivo VMD.
Características principales de VMD:
- Pantalla: al usarlo, puede ajustar la vista del modelo molecular (perspectiva u ortográfica), indicación de profundidad, iluminación, Color de fondo, ejes, etc.
- Gráficos: a través de esta función, puede ajustar la apariencia de una estructura molecular especificando manualmente el perfil de color, el material y las etiquetas.
- Análisis: al usarlo, puede realizar análisis sobre enlace de hidrógeno, puentes de sal, energía NAMD, gráfico NAMD y más elementos de la estructura.
Función adicional:
- Renderizado: Le permite simplemente renderizar la estructura y guardarla en formato de imagen BMP.
Pensamientos finales:
Es un software de visualización de PDB gratuito y rico en funciones que ofrece herramientas a través de las cuales puede analizar y visualizar fácilmente una estructura molecular 3D de un archivo PDB.
Página de inicio Página de descarga
BALLview
BALLview es una herramienta gratuita de visualización y modelado molecular que también se puede utilizar como visor de archivos PDB. Este software está disponible para las plataformas Windows y MacOS. Además de PDB, también es compatible con otros formatos de archivos moleculares, a saber, MOL, SD, AC y XYZ.
Características de BALLview:
- Pantalla: al usarla, puede ajustar el ángulo de la cámara para ver la estructura molecular en 3D desde diferentes ángulos. Además, las herramientas de orientación general como girar, mover, elegir, etc., también están disponibles en él.
- Construir: en él, obtiene muchas herramientas de construcción de estructuras moleculares que también puede usar para realizar cambios en la estructura molecular existente, como Crear enlaces, Construir péptidos, Generar cristales, Agregar hidrógenos , Establecer elemento, etc.
- Mecánica Molecular: Utilizándola, puede simular dinámicas moleculares y realizar cálculos de punto únicoen la estructura molecular PDB de entrada.
- Exportar: después de visualizar y modificar la estructura molecular de entrada, puede usar esta función para exportar la estructura molecular en PNG, STL, VRML, POV y algunos otros formatos.
Pensamientos finales:
Es un software de visualización de PDB potente y rico en funciones que ofrece algunas herramientas de visualización y construcción de estructuras 3D realmente buenas.
Página de inicio Página de descarga
vista COSMO
COSMOview es otro software gratuito de visualización de PDB para Windows. Con este software, puede generar y ver imágenes en 3Destructura molecular utilizando datos presentes en PDB, SDF, COORD, WRL, CCF y otros formatos de archivo. Con solo cargar un archivo PDB en él, puede ver su estructura molecular en 3D. Con el mouse y la rueda del mouse, puede moverse fácilmente por la estructura 3D y también hacer zoom en cualquier parte de la estructura. Después de ver la estructura, puede guardarla en formato PNG.
Características:
- Alternar visualización de estructura alámbrica: al usarlo, puede ver la estructura molecular en la vista de estructura alámbrica.
- Opciones de visor: a través de esta opción, puede definir manualmente ancho de línea de enlace de estructura, radio, colores de enlace, radio de átomos, color de fondo, etc.
Limitaciones:
Algunas funciones de este software no funcionan, como Toggle Sigma Surface, Toggle Molecule, Display Info, etc.
Pensamientos finales:
Es uno de los programas de visualización de PDB más simples a través del cual puede ver rápidamente un PDBestructura molecular. Sin embargo, no proporciona ninguna herramienta de análisis como otro software similar.