Aquí hay una lista de los mejores programas gratuitos de visor de árboles filogenéticos para Windows. Con este software, puede ver, analizar y modificar los árboles filogenéticos de diferentes especies. Al analizar los árboles evolutivos de diferentes especies, puede comprender el proceso de evolución que tuvo lugar.
Si hablo de los formatos admitidos, este software admite múltiples formatos de árbol filogenético. Algunos de estos formatos incluyen NEXUS, Phylip, Dendro, Text, NeXML y muchos más. Después de abrir un árbol filogenético, puede verlo en varios diseños. Algunos de estos diseños incluyen Árbol de ángulos iguales, Consenso promedio, Red de confianza equilibrada, Cladograma rectangular, Cladograma inclinado, Filograma circular, etc.
Algunos de estos programas cuentan con una lupa. Mueva esta lupa sobre el árbol para ver la vista ampliada de ese rregión Además de esto, algunos programas vienen con la función Buscar y reemplazar. Esta función le permite encontrar un texto en el árbol y reemplazarlo con otro texto.
Puede guardar el árbol modificado en los formatos compatibles con este software o exportarlo en diferentes formatos de imagen. Estos formatos de imagen incluyen BMP, GIF, JPEG, PNG, etc. Uno de estos programas también le permite exportar las partes seleccionadas del árbol, como Taxa, Conjuntos, Divisiones, Red, etc.
Mi software de visualización de árboles filogenéticos favorito:
TreeView es mi software de visualización de árboles filogenéticos favorito. No solo le permite ver un árbol filogenético, sino que también le permite crear un árbol filogenético por su cuenta. Además, admite múltiples formatos de entrada, incluidos archivos NEXUS, archivos PHYLIP, archivos de texto, etc. Además de esto, también puede guardar el árbol como un gráfico en formato EMF o WMF.
Vista de árbol
TreeView es un software gratuito de visualización de árboles filogenéticos para Windows. En este software, puede abrir y editar los árboles evolutivos de diferentes especies. Por lo tanto, al analizar los árboles evolutivos, puede estudiar cómo se ha llevado a cabo el proceso de evolución en diferentes especies. Abre cada árbol filogenético en una nueva ventana que le permite analizar y editar múltiples árboles evolutivos sin cerrar ninguno de ellos.
TreeView no es solo un visor de árboles filogenéticos, sino también un software de creación de árboles filogenéticos.
Los pasos para crear un árbol filogenético desde cero son los siguientes:
Para crear un árbol filogenético, primero debe crear un archivo de texto que contenga una lista de nombres de todas las especies. Los nombres pueden ser nombres biológicos o nombres comunes. Puede usar Wordpad, Notepad, Notepad++, o cualquier otro software para este fin. Todos los nombres deben escribirse de tal manera que una fila contenga solo un nombre. Después de crear una lista, guárdela en formato TXT. Ahora, inicie TreeView y vaya a Archivo > Importar > Lista de nombres de taxones y seleccione el archivo de texto que ha creado y haga clic en el botón Abrir. Después de abrir el archivo, verá que todos los nombres de las especies están conectados a un solo nodo con ramas separadas. Ahora, vaya a Editar > Editar árbol para corregir el árbol filogenético uniendo diferentes ramas. Se proporcionan varias herramientas en la barra de herramientas para editar un árbol evolutivo. Estos incluyen Mover rama, Colapsar rama, Colapsar clado, Rerootearárbol, Rotar descendientes, Intercambiar descendientes, etc. También se proporciona una herramienta Texto para escribir un texto en diferentes nodos del árbol. Después de terminar de editar, guárdelo desde el menú Archivo.
Vea la captura de pantalla anterior en la que he intentado crear un árbol evolutivo de Mammoth.
Cuatro opciones de visualización diferentes están disponibles en el software, a saber, Unrooted, Slanted Cladogram, Rectangular Cladogram, and Phylogram.
Características generales de este software gratuito de creación de cladogramas:
- Admite múltiples formatos: archivos NEXUS (,tre, .trees), archivos PHYLIP (.phy), CLUSTAL W (.dnd, .ph, .phb), Henning86 (.hng) y archivos de texto (.txt) ).
- Puede cambiar el tamaño y el estilo de fuente.
- Te permite copiar el árbol evolutivo simplemente presionando la tecla Ctrl+C.
- Las opciones Imprimir y Vista previa de impresión también están disponibles en el software.
- También puede guardar el árbol como un gráfico en formatos EMF y WMF.
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Unipro UGENE
Unipro UGENE es un software de visor de árbol filogenético destacado que está diseñado para realizar múltiples tareas. No es solo un software de visualización de árboles filogenéticos, sino también un analizador de secuencias de ADN más creador y un software creador de flujo de trabajo.
Dado que es un software multipropósito, admite múltiples formatos de archivo. Unipro UGENE admite más de 30 formatos de archivo. Algunos de estos incluyen NEXUS, Newick estándar, PHYLIP intercalado, PHYLIP secuencial, texto sin formato, matriz de frecuencia de posición, base de datos UGENE, Vector NTI, pDRAW, GFF, GTF, BAM, FASTA, FASTQ, GenBank, MSF, Mega, etc.
Viene con tres tipos de diseños de árbol: filograma/cladograma rectangular, filograma/cladograma circular y filograma/cladograma sin raíces. Puede acercar o alejar el árbol usando la rueda de desplazamiento del mouse. En la configuración de las ramas, puedes cambiar el color de las ramas, el ancho del árbol y la altura del árbol. másAdemás, el color, la fuente y el estilo del texto también se pueden cambiar. También muestra la longitud/distancia de cada rama. Puede seleccionar si mostrar u ocultar los nombres de las especies y las distancias de las ramas.
Captura de pantalla: puede capturar la pantalla en varios formatos, como PNG, BMP, JPG, PDF, TIFF, SVG, etc. La opción de captura de todo el árbol es también disponible, pero esto puede guardar el árbol solo en formato SVG.
Puede guardar y exportar el proyecto en su propio formato compatible. Además de esto, también puedes imprimir el árbol.
Unipro UGENE es un visor de árbol filogenético gratuito y de código abierto.
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SplitsTree4
SplitsTree4 es otro software gratuito de visualización de árboles filogenéticos para Windows. Le permite ver, modificar y analizar los árboles evolutivos en múltiples formatos. Estos formatos incluyen archivos FastA (.fa, .fasta), archivos de alineación Clustal (.aln), archivos de matriz de distancia de secuencias Phylip (.dist, .dst), archivos de partición MrBayes (.parts), archivos de Newick Tree (. nuevo, .tre, .tree), archivos Nexus (.nxs, .nex, .nexus), archivos de red reticulada (.rnet), archivos de secuencias de una sola línea (.txt), etc.
El diagrama de árbol filogenético/red de árbol filogenético se puede mostrar en ocho métodos de división diferentes, a saber, Red de clúster, Casco convexo, Ángulo igual, Red de hibridación, Sin gráfico, Filograma, Red reticulada, y Ángulo igual con raíz. De forma predeterminada, el diagrama se muestra en el método de árbol de división de ángulos iguales. Para cambiarlo, vaya a Menú Dibujar> Seleccionar árboles y haga clic en la pestaña Divisiones. Allí puede ver un menú desplegable desde donde se puede seleccionar el método de transformación de divisiones. Después de seleccionar el tipo de división, haga clic en el botón Aplicar. También puede modificar cada uno de estos métodos de árbol dividido cambiando sus propiedades, como porcentaje de compensación, reticulaciones máximas por enredo, diseño, ángulo máximo, grupo externo, etc. Tenga en cuenta que cada uno de estos mencionados propiedadesno es aplicable a todos los métodos de transformación dividida.
Además del método de transformación de divisiones, también hay varios tipos de redes disponibles para los diagramas de árbol filogenético. Algunos de estos incluyen Árbol de ángulos iguales, Consenso promedio, Red de confianza equilibrada, Red de consenso, Árbol de consenso, Súper red filtrada, etc. Simplemente vaya a Dibujar > Seleccionar árboles y haga clic en la pestaña Método en la segunda fila de la ventana así abierta.
En el panel izquierdo del software, puede ver fácilmente la cantidad de Taxones, la cantidad de divisiones, la cantidad de redes, etc. en un árbol. Expanda estos para ver más detalles.
Algunas características útiles de SplitsTree4:
- Lupa: esta función está disponible en el menú Ver. Al habilitar esta función, aparece una lupa en la interfaz. Mueva este vidrio a las diferentes regiones de un árbol para ver la vista ampliada de esa región. Haga clic en la captura de pantalla anterior paramira cómo se ve esta lupa.
- Filtrar taxones: vaya a Datos > Filtrar taxones y seleccione los taxones que desea ocultar del árbol filogenético.
- Editar rasgos: esta opción está disponible en el menú Datos. Puede agregar los nuevos rasgos o eliminar los existentes.
- Buscar y reemplazar: con la ayuda de esta función, puede buscar un texto en el árbol y reemplazarlo con cualquier otro texto. Puede hacer su búsqueda sensible a mayúsculas y minúsculas, solo palabras completas y expresión regular.
Puede guardar el árbol filogenético modificado en su propio formato. Además de esto, también se proporciona la función de exportación a imagen. Puede exportar el árbol en formatos EPS, GIF, JPEG, PNG, BMP, PDF y SVG. Además, también puede exportar las partes seleccionadas del árbol, como Taxones, Conjuntos, Divisiones, Red, etc.
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Dendroscopio
Dendroscope es otro software gratuito de visualización de árboles filogenéticos para Windows. Admite la siguiente tTres formatos: Dendro (.dendro), Nexus (.nexus), Newik (.newick), NeXML (.nexml) y Text (.txt).
Dendroscope viene con algunos árboles evolutivos de ejemplo, que puede ver y analizar. Estos archivos de ejemplo incluyen peces, pastos y nymphoides. También puede modificar el tipo de diseño de un árbol filogenético. En comparación con otro software de visualización de árboles filogenéticos en esta lista, este presenta una buena cantidad de diseños de árboles. Estos incluyen filograma rectangular, cladograma rectangular, cladograma inclinado, filograma circular, cladograma circular, cladograma circular interno, filograma radial y cladograma radial. Todos estos diseños están disponibles en el menú Diseño y en la barra de herramientas del software. Además de esto, también puede alinear toda la red a la izquierda, a la derecha y en orden aleatorio. Hablando sobre el diseño de la red, se dan tres tipos de algoritmos, a saber, algoritmos de 2008, 2009 y 2010.
Características básicas de este phylog gratuitosoftware de análisis de árboles enéticos:
- Puedes copiar el árbol al portapapeles.
- Al mover la lupa en el área particular del árbol, el software muestra la vista ampliada de esa región.
- Buscar y reemplazar también se proporciona en el software, para que pueda encontrar un nombre particular en el árbol y reemplazarlo con otro texto. Se ofrecen los siguientes tipos de opciones de búsqueda: sensible a mayúsculas y minúsculas, solo palabras completas y expresión regular.
- Puede guardar el árbol evolutivo modificado en cualquiera de los formatos de árbol mencionados anteriormente.
- También le permite imprimir el cladograma.
- También puede exportar el árbol filogenético en algunos formatos de imagen populares, como BMP, GIF, JPEG, PNG, etc. Además de esto, también puede exportar el árbol a PDF.
La opción
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FigTree
FigTree es una aplicación basada en JAVA para ver árboles filogenéticos. No se menciona la cantidad de formatos admitidos por el software.d. Probé el formato .tree y se abrió en el software. Puede analizar varios árboles simultáneamente en este software, ya que abre cada nuevo árbol en una nueva ventana.
Diseño de árbol filogenético: hay tres tipos de diseños disponibles en el software, a saber, Diseño de árbol rectangular, Diseño de árbol polar y Diseño de árbol radial. Se puede acceder a todos estos diseños en el panel izquierdo del software. La vista de cada uno de estos diseños se puede variar cambiando sus propiedades. Estas propiedades incluyen Expansión, Ojo de pez, Longitud de raíz, Curvatura, etc. Encontrará diferentes propiedades disponibles para diferentes diseños.
En la sección Apariencia, puede cambiar algunos factores generales del árbol filogenético como ancho de línea, colores de fondo, etc. Además de esto, también puede resaltar diferentes regiones del árbol y los nombres de diferentes especies con diferentes colores.
Anotar es una característica útil of Higuera. Con esta función, puede cambiar cualquiera de los nombres en el árbol. Simplemente seleccione el nombre que desea cambiar y haga clic en el botón Anotar en la barra de herramientas y reemplácelo con otro nombre. También puede importar las anotaciones al software, pero no se menciona el formato de entrada para este propósito.
Usando la opción Buscar, puede buscar lo siguiente: Etiqueta de texón, Longitud de rama, Edad del nodo, Nombre, Altura, Cualquier anotación, etc. desea, puede realizar búsquedas sensible a mayúsculas y minúsculas. Aparte de esto, también hay algunos filtros disponibles como contiene, comienza con, termina con, expresión regular, etc.
Puede exportar el árbol filogenético en formatos PDF, SVG, PNG y JPEG.
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Árboles Bayes
BayesTrees es un software de visualización de árboles filogenéticos muy simple para Windows. Puede abrir un árbol filogenético en este software con cualquiera de los siguientes formatos: Nexus Trees y Bayes Trees. Viene con algunos ejemplos de árboles filogenéticos que puede ver en este software y analizar.
Estilo de árbol filogenético: presenta 6 estilos de árbol diferentes, a saber, Normal, Arco, Curvo, Caído, Globos y Inclinado. Todos estos estilos de árbol están disponibles en un cuadro desplegable en el menú de la barra de herramientas.
También puede escalar el árbol en cualquiera de las direcciones izquierda o derecha.
El árbol modificado se puede guardar en los siguientes formatos: árboles Nexus, árboles Bayes, Strict Phylip, yRePhylip relajado. Además de esto, también puede guardar el árbol en formatos de imagen PNG, BMP, JPG, TIFF, GIF, EMF, etc.
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Gráfico de árbol 2
TreeGraph 2 es otro software gratuito de visualización de árboles filogenéticos para Windows que le permite ver y editar los árboles filogenéticos. Admite varios formatos, incluidos los formatos TreeGraph 2 XML, PhyloXML, NeXML, Nexus File y Newick file.
Puedes editar el árbol aplicando diferentes cambios. Algunos de estos se dan a continuación:
- Puede agregar diferentes colores a diferentes salvadosches o colorear todo el árbol con un solo color. La opción de colorear está disponible en el menú Formato.
- También puede establecer los valores de distancia mínima y máxima seleccionando diferentes datos de nodo/rama. Por ejemplo, anchos de las líneas de las ramas, longitudes mínimas de las ramas, espacio mínimo sobre las ramas, anchos de las líneas de los nodos, radio de las esquinas de los nodos, margen de la hoja (izquierda, derecha, arriba y abajo), etc. Los valores de distancia solo se puede configurar en milímetros.
- Hay dos tipos de vistas disponibles en este software gratuito, a saber, Cladograma rectangular y Filograma/Cladograma.
- Puede eliminar los taxones existentes o agregar nuevos taxones al árbol.
- La opción de búsqueda también está disponible. Con esta función, puede buscar el nombre de cualquier especie en el árbol. También puede aplicar los siguientes filtros a la búsqueda: sensible a mayúsculas y minúsculas, solo palabras e incluir nombres de nodos internos.
Después de editar el gráfico, puede guardarlo en formato TreeGraph XML o exportarlo en PDF, Nexus, y formatos de archivo Newick.
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Multidendrogramas
MultiDendrograms es el próximo software gratuito de visualización de árboles filogenéticos para Windows. Viene con algunos archivos de ejemplo precargados. Puede abrirlos y analizarlos. Para abrir un archivo en el software, haga clic en el botón CARGAR provisto. Los archivos de ejemplo están en formato TXT, lo que significa que admite archivos en formato TXT. Pero este no es el caso, cuando intenté abrir otros archivos TXT en el software, muestra un mensaje de error.
Después de abrir un árbol filogenético, puede cambiar el árbol orientación en cualquiera de las cuatro direcciones (Este, Oeste, Norte y Sur), cambie la vista del árbol seleccionando cualquiera de los algoritmos de agrupamiento (enlace versátil, enlace único, enlace completo, enlace geométrico, centroide, etc.), variar el tamaño de los nodos, mostrar/ocultar etiquetas, etc. No tiene ninguna opción de actualización automática. Por lo tanto, debe hacer clic en el botón Actualizar después de cualquier cambio que realice.
Guardar: puede guardar el árbol filogenético en formatos TXT, árbol de Newick, árbol JSON, PNG, JPG y EPS.
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T-REX
T-REX es otro software gratuito para ver árboles filogenéticos. Es compatible con los formatos de archivo Newick tree y T-Rex (.tre). Tiene varios archivos de muestra de árboles filogenéticos. Puede abrirlos en el software y analizarlos.
Hablando sobre el estilo de árbol, hay cuatro tipos de estilos de árbol disponibles: Vertical jerárquico, Horizontal jerárquico, Axial y Radial. Estos estilos de árbol están disponibles en menú Editar > Redibujar el mapa.
También puedes cambiar el color de nombres de especies y ramas del árbol.
El árbol abierto se puede guardar en formato Newick o en su propio formato T-REX (.tre). Además de esto, también puede tomar una copia impresa del árbol.
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Buscador de árboles
Treefinder es otro software gratuito de visualización de árboles filogenéticos. No se mencionan los formatos admitidos por este software, pero probé los formatos Tree y TXT y ambos formatos son compatibles.
Los pasos para abrir un árbol filogenético en Treefinder son diferentes de los demás programas de visualización de árboles filogenéticos de esta lista. Vaya a Archivo > Abrir imagen y seleccione el formato de archivo compatible. El árbol filogenético se abre entonces como una imagen. Dado que el árbol filogenético se abre como una imagen, no puede modificar el árbol. Pero, puedes cambiar el estilo del árbol. Esto se puede hacer cambiando la topología del árbol filogenético. Varias topologías incluyen Midroot, Reroot, Swap, Collapse, etc. Encontrará estas topologíases en la opción Redibujar del menú Ver.
Te permite exportar el árbol en diferentes formatos que incluyen TL Tree List, PHYLIP, Newick, NEXUS, etc.